Uhićenoga Gorana Hadžića tereti se za mnoge ratne zločine počinjene tijekom Domovinskog rata u istočnoj Slavoniji, Baranji i zapadnome Srijemu, za zločin u Tenji osuđen je u odsutnosti, a za zločine u Vukovaru optužnica je podignuta u prosincu 2002. godine
Po riječima Biljane Stojić, savjetnice Županijskoga državnog odvjetništva iz Osijeka, Goran Hadžić je na Županijskome sudu u Osijeku 1999. osuđen na osam godina zatvora, među ostalim, zbog poticanja na zločin, ubojstva, rušenja katoličke crkve i miniranja nesrpskih kuća u Tenji, u blizini Osijeka, od 1. srpnja 1991. do 20. travnja 1992. U Tenji su tada ubijene 23 osobe.
Protiv Gorana Hadžića i još 17 najodgovornijih pripadnika bivše JNA i paravojnih srpskih postrojba, Županijsko državno odvjetništvo u Vukovaru podignulo je optužnicu za vukovarske zločine i za 1.292 osobe nesrpske nacionalnosti ubijene u Osijeku, Vukovaru, Vinkovcima, Županji i Bjelovaru od 1. kolovoza 1991. do 3. siječnja 1992. Optužnica se odnosi i na 250 ubijenih Hrvata na Ovčari, koji su onamo odvedeni iz vukovarske bolnice. Uvođenjem četiriju specijaliziranih sudova za ratne zločine, osječki Županijski sud kao jedan od njih preuzeo je optužnicu iz Vukovara.
Hadžića je također u odsutnosti 1995. Šibenski županijski sud osudio na 20 godina zatvora zbog prekomjernog granatiranja šibenskoga i vodičkog područja zabranjenim ognjevima i orkanima 1992. i 1993. godine.
