Islamska zajednica u Hrvatskoj snažno je stala iza osporavanog ministra kulture Zlatka Hasanbegovića. Zagrebački imam je na molitvi u petak podržao Hasanbegovića, poručivši da se radi o vrijednom članu Islamske zajednice, bez obzira na to dijele ili ne njegove stavove. Štoviše, prema informacijama televizije N1, u Islamskoj zajednici smatraju da su napadi na Hasanbegovića antiislamski i islamofobni te tvrde da bi se prema njemu odnosili drugačije da se ne preziva Hasanbegović
Već ranije je Islamska zajednica otvoreno stala na stranu ministra Hasanbegovića. Predsjednik izvršnog odbora Medžlisa Zagreb Gzim Redžepi na službenim stranicama Islamske zajednice napisao je tekst pod naslovom 'Hafiz i ministar – ponos zagrebačkog džemata', u kojem navodi da je 'imenovanje doktora znanosti Zlatka Hasanbegovića ministrom u Vladi Republike Hrvatske, po mom najdubljem uvjerenju, jedan od najsvjetlijih trenutaka muslimanske egzistencije u Republici Hrvatskoj od njena osnivanja i samostalnosti! Naš Zlatko, bez navodnika, zacijelo je od najčasnijih, najlucidnijih, najintelektualnijih, najobrazovanijih i najautentičnijih insana koji su pripadali ili pripadaju zagrebačkom džematu'.
U razgovoru za tportal muftija Ševko ef. Omerbašić, dugogodišnji šef Mešihata Islamske zajednice u Hrvatskoj, kaže da je Hasanbegović od mladih dana aktivan u Islamskoj zajednici te da nikad s njim nisu imali problema, naprotiv uvijek im je bio od pomoći. 'Normalno je da su ga podržali', kaže nam Omerbašić, smatrajući da 'cijela haranga ima duboke korijene'.
Islamska zajednica u Hrvatskoj zadovoljna je Hasanbegovićem, objašnjava, u prvom redu zbog činjenice da je prvi musliman, poslije Osmana Muftića još početkom devedesetih, za vrijeme Franje Tuđmana, koji je ušao u hrvatsku Vladu. Doduše nije ušao kao kandidat Islamske zajednice ili neke muslimanske, bosanske, bošnjačke stranke, već kao kandidat HDZ-a. Omerbašić, koji dobro poznaje Hasanbegovića, kaže da se uvijek moglo primijetiti da je prema političkim stavovima bio malo udesno, ali je pretjerano optuživati ga za ustaštvo.
'Pogotovo je čudno to da dvije nacionalne manjine, Srbi i Židovi, zapravo kidišu na njega. Razumijem da se oni boje ovoga ili onoga, međutim ti predstavnici Srba bi prvo trebali pogledati u oči svojim zločinima pa onda tražiti nedostatke na drugoj strani', kaže nam Omerbašić. 'Kakve veze Zuroff ima s hrvatskom politikom?', pita se muftija, smatrajući da se jako pretjeruje kad je u pitanju Hasanbegović. Kulturnjake razumije jer je njih dirnuo gdje ih najviše boli, ali politički je to razumljivo.
Smeta ga to što je u cijeloj hajci na Hasanbegovića došlo i do vrijeđanja Bošnjaka s omalovažavajućim komentarima – 'gdje će nama Bošnjaci voditi kulturnu politiku', što smatra neprimjerenima posebno jer su mnogi Bošnjaci dali život za ovu zemlju i išli se boriti. Iz Islamske zajednice su došle i primjedbe da se iza svega kriju islamofobija i antiislamizam, što ni Omerbašić ne isključuje, posebno jer su napadi bili tako bestijalni, pa postoji, kaže, neki razlog koji stoji iza svega toga. Uglavnom, Omerbašić stoji uz Hasanbegovića, kao i Islamska zajednica.
'Gdje će on biti ustaša kad je rođen poslije Drugog svjetskog rata? Mogao je kao znanstvenik istraživati tu tematiku, što je legitimno. Hasanbegović je desno u politici, ali to je sasvim legitimno i legalno. Nikad nisam čuo, a ja sam s njim mnogo surađivao, uostalom sam ga imenovao svojim izaslanikom na Bleiburgu kada sam vodio Islamsku zajednicu, da se bavio nečim takvim. Ako je u znanstvenom opusu to govorio, onda je to sasvim legitimno, a znanstvenike ne možemo mjeriti po političkim izjavama, nego po znanstvenim dokazima', smatra Omerbašić.