U prvim komentarima odluke kojom su se Britanci većinski očitovali kako više ne žele biti dijelom ujedinjene Europe prevladavaju procjene kako je riječ o iznenađujućem ishodu čije posljedice je za sada teško predvidjeti. Upadljiva su ipak upozorenja kako britanski referendum može dodatno zakomplicirati stanje u BiH jer je sadašnji proces reformi u toj zemlji dio plana kojega su početkom 2015. godine zajedničkom inicijativom potaknule upravo Velika Britanija i Njemačka.

Provedba te inicijative trenutačno je blokirana jer unutar BiH nema suglasnosti o izmjenama privremenog trgovinskog sporazuma s EU kako bi se on prilagodio činjenici da i Hrvatska ima pravo izvoziti svoje proizvode na treća tržišta kao i sve ostale članice EU-a. Član Predsjedništva BiH Mladen Ivanić u prvom je komentaru za lokalne medije istaknuo kako drži da bi posljedice Brexita mogle biti vro ozbiljne no možda najviše baš po samu Veliku Britaniju.

'Ako posljedice budu pozitivne, u što sumnjam, onda će učinci doći naknadno i kod drugih članica EU-a, ali ako budu negativne, mislim da će to biti veliko otrežnjenje u Britaniji, jer će platiti visoku cijenu referenduma o izlasku iz EU-a', ocijenio je Ivanić u izjavi za agenciju Srna, ističući kako ovo ni u kom slučaju nije kraj EU-a jer je ona i dosad uspijevala prebroditi različite krize. Dodao je kako suočena s novom situacijom EU ima izbor između daljeg jačanja Unije ili njezine decentralizacije pri čemu drži kako je prva opcija realnija.

Ivanić ocjenjuje kako izravnih posljedica po BiH neće biti. 'Nama je i u EU, koja je u krizi, bolje nego izvan EU. BiH je izvan EU toliko vremena pa imamo složeno stanje, lošu ekonomiju, veliku nezaposlenost, nedostatak perspektive... I u 'slaboj EU' nama bi bilo puno, puno bolje', zaključio je Ivanić.

Ministar vanjskih poslova BiH Igor Crnadak kategoričan je u ocjeni da britanski referendum ne smije utjecati na provedbu reformi u BiH. 'Važno je da zadržimo reformski smjer i da nastavimo svoj europski put', kazao je Crnadak kako ga citira agencija Fena dodajući da odluka Britanaca ne mijenja razloge zbog koji se BiH sama opredijelila za provedbu reformi.

Glavni tajnik najveće bošnjačke političke stranke - Stranke demokratske akcije (SDA) Amir Zukić, drugačijeg je stajališta i otvoreno govori o strahu od jačanja negativnih trendova, 'secesionističkih, nacionalističkih, fašističkih'. Procijenio je kako slijedi jačanje radikalno desnih političkih stranaka što će zakomplicirati političko stanje a to će se opet odraziti na ekonomiju.

Predsjednik odbora za europske integracije parlamenta Republike Srpske Branislav Borenović kazao je kako ne vjeruje da će odluka Britanaca imati izravnog utjecaja na europski put BiH iako je izvjesno kako će se nakon tog referenduma otvoriti dodatna pitanja u vezi s procesima koji se vode unutar BiH.  Istaknuo je kako je za BiH važno dosegnuti europske zakonodavne standarde, kriterije i pravila jer to jedino jamči bolji život svih koji žive u toj zemlji.