Istina, trenirao je Badstuber uglavnom u društvu rezervnih igrača budući da je prva momčad otputovala na ligaško gostovanje kod Braunschweiga. Društvo su mu pravili i Daniel van Buyten, Rafinha i Diego Contento koji nisu uvršteni u kadar za prvenstvenu utakmicu. Prema izvještajima njemačkih medija, 25-godišnji stoper je bez problema odradio sve vježbe, a na kraju treninga je čak odradio i nekoliko udaraca na gol.

Badstuber je 1. prosinca 2012. potrgao ligamente koljena u dvoboju protiv Borussije Dortmund. Završio je na operaciji, da bi nekoliko mjeseci kasnije tijekom rehabilitacijskog treninga ponovno potrgao ligamente. Uslijedila je i druga operacija i oporavak koji se sada bliži kraju.

Badstuber je prije teške ozljede odigrao 101 bundesligašku utakmicu za Bayern, u Ligi prvaka je nastupio 31 put, a 30 puta je nosio i dres njemačke reprezentacije. Ugovor s Bavarcima ga veže do 2017. godine. Riječ je o igraču koji se podjednako dobro snalazi na poziciji lijevog beka i stopera, a s obzirom na deficit bekova, u reprezentaciju je uvijek igrao na lijevoj strani.