Kako su Jutarnjem potvrdili iz MORH-a, odluku o isplati naknada za neisplaćene plaće potpisao je ministar Ante Kotromanović, a kada će novac sjesti na račun Dunje Gotovine, još nije poznato jer se umirovljena pukovnica HV-a o takvoj odluci mora sama izjasniti.

Također, Dunji Gotovini ponuđeno je da se vrati na posao u MORH ili da ode u neku drugu državnu službu u kojoj bi mogla raditi ovisno o stručnoj spremi i činu.
Cijela zavrzlama oko zaposlenja Dunje Gotovine započela je još 2004., dok je radila u Vojnom učilištu 'Petar Zrinski' na Črnomercu, u Upravi za međunarodnu vojnu suradnju.

Prije toga, pet je godina imala status neraspoređenog djelatnog časnika HV-a.

Prema zakonu, djelatnici MORH-a u statusu neraspoređenih mogu biti najdulje šest mjeseci, no ministrima u Račanovoj Vladi, Jozi Radošu i Željki Antunović, lakše je bilo taj status produživati joj svakih šest mjeseci i tako rješavati u to vrijeme velik politički problem.
Kada je potkraj 2003. HDZ ponovno došao na vlast, počeli su problemi.

Tadašnji ministar obrane Berislav Rončević u listopadu 2004. ju je umirovio u činu pukovnice, uz objašnjenje da je neperspektivna časnica. Kako je u to vrijeme u punom jeku bila potraga za odbjeglim generalom i njezinim suprugom Antom Gotovinom, neki su smatrali da je do toga došlo zbog pritiska međunarodne zajednice i političkog manevra HDZ-a.
Dunja Gotovina žalila se zbog nezakonitog otkaza i dobila spor koji nikad nije ispoštovan. Naime, Upravni sud je 2006. MORH-u naredio da je mora vratiti na posao, no to se nije dogodilo. Razgovaralo se i da je se zaposli kao predavačicu na Vojnom učilištu, ali se ni to nije ostvarilo.

Državno odvjetništvo, koje zastupa MORH, inzistiralo je na nagodbi da se Dunji Gotovini da naknada za neisplaćene plaće, a ona je u to vrijeme tražila povratak na posao.