Igre su se nakon 36 godina bile vratile u Njemačku i ostat će upamćene prvenstveno po tragično okončanoj talačkoj krizi u kojoj je ubijemo 11 izraelskih sportaša.

Unatoč hladnoratovskim političkim podjelama, sportaši su u selu disali kao jedno. U prvom tjednu Igara nije zabilježen nikakav incident i osiguranje se već bilo opustilo. Sportaši su nesmetano ulazili i izlazili kada su htjeli, a kroz prste im se progledavalo i preskakanje ograda kojima su vjerojatno zaobilazili 'straže' koje su postavili njihovi treneri i savezi.

Tako se tijekom noći 5. rujna iz provoda vraćala grupa kanadskih sportaša koji su preskačući ogradu usput pomogli grupi koja se našla na istom mjestu. Da su znali o kome je riječ, sigurno to ne bi učinili.

Uljezi, osam članova grupacije Crni rujan, ušli su u paviljon u kojem su bili smješteni izraelski sportaši, izvadili su skriveno oružje i kao taoce uzeli devet izraelskih sportaša. Ujutro su iznijeli svoje zahtjeve: puštanje 234 Palestinca iz izraelskih zatvora. Nijemci su im u zamjenu za taoce nudili neograničenu svotu novca, čak i zamjenu za taoce iz svojih redova, kako bi spasili situaciju, ali otmičari su te zahtjeve odbili i ostali pri inicijalnom zahtjevu.

Pristali su tek na mogućnost da ih se avionom prebaci u Kairo gdje bi se pregovori nastavili. Helikopterima su prebačeni na aerodrom Fürstenfeldbruck, gdje im je pripremljena zamka u vidu petorice (neobučenih) snajperista koji su bili raspoređeni oko aviona u kojemu nije bilo nikoga. Kada su teroristi shvatili da nema pilota ni osoblja, shvatili su prijevaru i počela je pucnjava. Snajperisti su promašili ključnu priliku i sportaši su se našli bespomoćni s otmičarima koji više nisu imali volje za pregovore.

Mučna situacija trajala je još satima, a nešto iza ponoći 6. rujna otmičari su potpuno izgubili živce i rafalom te ručnom granatom pobili trojicu sportaša u jednom od dva helikoptera. Još pet ih je tada bilo živo, a krenula je pucnjava sa svih strana. Helikopter je eksplodirao i nesretnici nisu dočekali sretan kraj. Policijska istraga je pokazala da su najvjerojatnije poginuli greškom u spasilačkoj akciji.

Na kraju je poginulo 11 Izraelaca (ne samo sportaša) i pet otmičara te nekoliko članova aerodromskog osoblja i njemačkih policajaca. No tu nije bio kraj. 29. listopada iste godine nova skupina terorista otela je putnički avion i uspjela ishoditi puštanje na slobodu dvojice od tri preživjela otmičara koji su u Libiji dočekani kao heroji. Uskoro je uslijedio niz osvetničkih akcija Božji bijes u kojima je izraelska tajna služba Mossad tragajući za preživjelim otmičarima pobila oko 200 ljudi u napadima na centre PLO-a u Siriji i Libanonu.

Iako su Nijemci svim silama željeli izbjeći prekidanje Igara, ipak su pod pritiskom pristali zaustaviti natjecanja 6. rujna (dakle, čitav dan nakon početka krize), po prvi puta u povijesti olimpizma. Uoči otvaranja londonskih Igara MOO je odbio održati minutu šutnje za poginule sportaše iz Münchena jer olimpijski pokret želi što prije zaboraviti 5. rujna i minhensku tragediju za koju poslijeratna Zapadna Njemačka nije bila nimalo organizacijski spremna.