Šimunić je u dresu 'modrih' igrao dva puta u skupini Lige prvaka i dva puta u skupinama Europske lige. Osvojio je tri naslova prvaka, te po jedan Kup i Superkup. U nešto manje od tri i pol godine koliko je proveo u Dinamu Šimunić je upisao 116 nastupa i zabio 8 pogodaka.

Na oproštaju od Dinama dobio je uokviren dres s brojem 116 na kojem je pisalo "Svi smo mi Joe".

Šimunić je u Dinamo stigao u ljeto 2011. nakon više od desetljeća uspješne karijere u Njemačkoj gdje je igrao za Hoffenheim, Herthu i HSV. S Dimnamom je odmah u prvoj sezoni igrao Ligu prvaka, te osvojio duplu krunu - prvenstvo i Kup. 'Modri' su predvođeni Josipom kao kapetanom iduće godine obranili naslov prvaka i još jednom igrali u skupini elitnog klupskog natjecanja, da bi prošle godine prvenstvu dodali i Superkup, te nastup u skupinama Europske lige. Dinamo je i ove godine igrao u Europskoj ligi, te uvjerljivo vodi u prvenstvu.

'Josip je bio itekako važan kotačić u svim uspjesima Dinama, a svojim liderskim sposobnostima i golemim iskustvom, kako na terenu tako i van njega, pomogao je u razvoju mnogih mladih igrača kao što su 'njegovi stoperi' Tin Jedvaj i Jozo Šimunović, ali i Alen Halilović, Marcelo Brozović, Mateo Kovačić i brojni drugi,' poručili su iz Dinama.