Iako šef HSS-a Josip Friščić pokušava to sakriti, u samom vrhu HSS-a došlo je do velikog sukoba zbog promjena u Vladi, ponajprije zato što stranka gubi kontrolu nad Ministarstvom poljoprivrede. Nesuglasice oko daljnjeg sudjelovanja HSS-a u vlasti počele su čim je Sanader dao ostavku, a kulminirale su u nedjelju uvečer na sastanku stranačkog predsjedništva.

'Članstvo HSS-a ogorčeno je jer se odričemo resora poljoprivrede. Naša je stranka morala zadržati taj resor, a ako je ministar Pankretić želio pobjeći od problema sa seljacima, onda je njegov posao trebao preuzeti netko drugi', uzrujano je govorio član predsjedništva nakon stranačkog sastanka.

Friščić nije odstupao od svog dogovora s HDZ-om, što ga je uglavio još prošloga tjedna, mimo stranačkog predsjedništva. A dogovorio je da će Pankretić postati potpredsjednik Vlade i preuzeti resor regionalnog razvoja, Damir Bajs ostati ministar turizma, a HSS prepustiti HDZ-u Ministarstvo poljoprivrede. Izvori iz HSS-a kažu za Jutarnji list da je većina stranačkih dužnosnika tražila od Friščića da on preuzme dužnost potpredsjednika nove Vlade, a ne ministar Pankretić.

U nedjelju je trebalo samo dići ruke za taj dogovor. Ali, petero dužnosnika HSS-a glasalo je 'protiv' toga da HSS izgubi poljoprivredu, a 'za' je bilo njih 11. Protiv su bili potpredsjednici stranke Marijana Petir i Damir Bajs, utjecajni zastupnik Stanko Grčić, bjelovarsko-bilogorski župan Miroslav Čačija te Davor Vlaović, regionalni predsjednik HSS-a za cijelu Slavoniju.

Među nezadovoljnima su, dakle, predstavnici dviju najjačih županijskih organizacija HSS-a, one bjelovarsko-bilogorske (Bajs i Čačija) i sisačko-moslavačke (Petir). Sukob koji je izbio zbog HSS-ova gubitka kontrole nad poljoprivredom, međutim, otkrio je i puno ozbiljnije pukotine u toj stranci.

Osim osobnih ambicija pojedinih stranačkih dužnosnika, govori se kako je Marijana Petir ljuta na stranačkog šefa i zato što nije postala ministrica. Povratkom Petra Čobankovića na čelo Ministarstva poljoprivrede HDZ će dodatno ojačati svoj utjecaj na selo, pogotovo u Slavoniji u kojoj nikada nisu voljeli Pankretića.

Ako se pokaže točnim da Pankretić polako preuzima HSS, kao što tvrde u samom vodstvu stranke, među seljacima bi moglo doći do još oštrijih sukoba i pitanje je koliko će dugo HSS biti lojalan partner u Vladi Jadranke Kosor. Gubitkom resora poljoprivrede HSS je izgubio i kontrolu nad 4,2 milijarde proračunskih kuna.