Nakon petogodišnjeg postupka Ćesić je u veljači 2009. pred istim sudom oslobođen tih optužbi, ali je Vrhovni sud, zbog pogrešno utvrđenog činjeničnog stanja, slučaj ponovno vratio na Županijski sud. Ponovno mu se počelo suditi lani u svibnju, kada se kao i u prvom slučaju izjasnio da nije kriv. Danas je to ponovio i treći put jer se trebao izjasniti o krivnji pošto je od zadnje rasprave prošlo više od 30 dana.

U ponovljenom postupku, koji sada vodi sutkinja Gordana Mihela Grahovac, dosad je ispitano 20-ak svjedoka tužiteljstva i obrane, dok bi dva preostala svjedoka iz MORH-a trebala biti ispitana u lipnju, kada Ćesićev branitelj Željko Olujić očekuje i objavu nepravomoćne presude.

Ćesića Rojsa tereti se da je kao pomoćnik ministra obrane i načelnik Sektora za gospodarenje nogometnom klubu 'Hrvatski dragovoljac' otpisao tri milijuna kuna duga, te da je bez ovlasti zapovjedio izdavanje cigareta, plastičnih čaša i druge potrošne robe vrijedne 2,3 milijuna kuna 66. pukovniji koja službeno nije bila u sastavu HV-a.

U obrazloženju prvostupanjske presude sudac Siniša Pleše je, suprotno stavu tužiteljstva, ustvrdio da se 66. pukovnija nedvojbeno smatrala postrojbom Hrvatske vojske i to ne samo jer su njeni pripadnici i strojevi imali oznake HV-a, nego i zbog toga što je iz dokumentacije vidljivo da je ta postrojba dobivala logističku potporu vojnog vrha i nakon što je Rojs otišao s dužnosti.

Nakon oslobađajuće presude. Ćesić je izjavio da je cijeli proces protiv njega bio politički motiviran. Kazao je i da je tijekom višegodišnjeg kaznenog progona primao mnoge prijetnje te da ga se čak pokušalo povezati s ubojstvom odvjetničke vježbenice Ivane Hodak, čiji je otac bio odvjetnik umirovljenog generala Vladimira Zagorca.  Tvrdio je i da su mu prijetili 'ljudi' tadašnjeg premijera Ive Sanadera koji se zbog nepravomoćne presude i brojnih optužbi za korupciju nalazi u remetinečkom pritvoru.