Žrtva, koja sada ima 64 godine, tvrdi da ga je, kad je imao 13 godina, Gijsen promatrao dok se samozadovoljavao u sjemeništu. Gijsen to negira. Žrtva optužuje i drugog svećenika da ga je tri puta seksualno napao.

Sama Crkva u Nizozemskoj je omogućila žrtvama pedofilije i seksualnog uznemiravanja da prozovu svećenike, pa i one koji su samo gledali tuđe seksualne radnje, jer se i to smatra zlostavljanjem.

Drugi svjedok tvrdi da se Gijsen uvlačio u krevete dječaka dok ih nije bilo u sobama i da je masturbirao. Tvrdi da se to događalo između 1952. i 1955.

Dnevnik NRCHandelsblad piše da je, već kao biskup, Gijsen znao o pedofilskom ponašanju barem jednoga svećenika, ali da nije ništa poduzeo.

Kada je Vatikan spremao izvještaj o tomu, Gijsen je dao ostavku Ivanu Pavlu II. U Nizozemskoj se provodi intenzivna istraga o pedofiliji katoličkih svećenika.

Postoji, naime, 900 optužbi, a najranije datiraju iz 1945. Istražnu komisiju vodi bivši ministar obrazovanja Wim Deetman, protestant.