Kao pripadnik sastava vojne policije Armije BiH Šego je sudjelovao u ubojstvima, zlostavljanima te prisiljavanju na prinudni rad hrvatskih civila zatočenih u logorima pod kontrolom bošnjačkih vlasti.

Šego je tijekom suđenja priznao kako je kriv i po točki optužnice koja ga je teretila da nije ništa učinio kako bi spriječio dvojicu drugih pripadnika Armije BiH da do smrti pretuku jednog zatočenog civila hrvatske nacionalnosti.

Osman Šego drugi je optuženik koji je pred Sudom BiH priznao odgovornost za zločine počinjene nad Hrvatima Bugojna.

Prije njega to je učinio Enes Handžić koji je u priznanju naveo moguće lokacije na kojima su pokopana tijela ubijenih Hrvata.

On je također izrijekom potvrdio kako je za nestanke znao i ratni načelnik bugojanske općine Dževad Mlaćo.

Handžić je osuđen na osam godina zatvora.

Tijekom 1993. godine u Bugojnu je bilo zatočeno više od dvije stotine hrvatskih civila i zarobljenih pripadnika HVO koji su zlostavljani i odvođeni na prisilni rad.

Najmanje dvadeset registriranih zatočenika i danas se vode kao nestali.

Za ove zločine optuženi su i Nisvet Gasal, Senad Dautović i Musajb Kukavica, bivši visoki vojni i policijski časnici čije su postrojbe djelovale u Bugojnu.