Kao i na redovnim lokalnim, parlamentarnim ili predsjedničkim izborima, GONG-ovi promatrači promatraju i tijek glasovanja za referendum o članstvu u Europskoj uniji. Iako za referendum ne vrijedi izborna šutnja, u krugu od 50 metara od birališta zabranjena je kampanja. No, neki se toga ipak nisu držali
Kako je priopćio GONG, jedna od bizarnijih nepravilnosti koje su uočili njihovi promatrači je i ona na glasačkom mjestu u Brinju gdje je birački odbor slušao debatu o Europskoj uniji na radiju i nastavio je slušati unatoč upozorenju promatrača.
GONG-ovi promatrači dojavili su i nepravilnosti poput neprovjeravanja identifikacijskih dokumenata, glasanja bez identifikacijskih dokumenata, ali i neadekvatna glasačka mjesta. Tako se, primjerice, glasačko mjesto u Klobučku nalazi u kontejneru u koji jedva stane i birački odbor, dok je biračko mjesto u Svinici Krstinjskoj teško dostupno te nema struje i grijanja.
Sami građani prijavili su pak da se na jednom mjestu u Zagrebu te na dva u Zadru nalaze propagandni materijalu unutar 10 metara od birališta, dok se jedan državljanin požalio da nije mogao glasati u Münchenu iako se prethodno registrirao.
