'Ja ću svoju funkciju predsjednika CSU-a dati na raspolaganje, ali to neće imati utjecaja na moj položaj ministra unutarnjih poslova', rekao je Seehofer u ponedjeljak demantirajući tako špekulacije medija o njegovom povlačenju s položaja ministra unutarnjih poslova.

'Ja sam ministar unutarnjih poslova i tu ću funkciju obnašati i dalje', rekao je Seehofer. On je najavio da će odluka o tomu kada se povlači s mjesta šefa CSU-a biti donesena 'tijekom tjedna'. Nakon što je Angela Merkel najavila povlačenje s mjesta predsjednice Kršćansko-demokratske unije (CDU), s kojom CSU na saveznoj razni tvori demokršćansku Uniju CDU/CSU, povećao se i pritisak na Seehofera.

Njega se smatra jednim od glavnih uzroka loše percepcije rada savezne vlade i drastičnih gubitaka koje su doživjele stranke vladajuće demokršćansko-socijaldemokratske koalicije na posljednjim pokrajinskim izborima u Bavarskoj i Hessenu.  Zbog Seehoferovog neslaganja oko detalja izbjegličke politike s kancelarkom Angelom Merkel, opstanak Unije CDU/CSU je tijekom ljeta nekoliko puta bio dovođen u pitanje.  

Njegovu strategiju okretanja CSU-a udesno, u svrhu vraćanja birača koji su prešli radikalno desnoj Alternativi za Njemačku (AfD), mnogi smatraju neuspješnom s obzirom na to da je CSU na posljednjim izborima u Bavarskoj, u kojoj je CSU izgubio apsolutnu većinu, mnoge birače izgubio a da su se njihovi glasovi prelili u smjeru stranke Zeleni.  

Očekuje se da bi na mjestu predsjednika CSU-a Seehofera mogao zamijeniti sadašnji bavarski premijer Markus Soeder, koji je i premijersku dužnost u veljači preuzeo od Seehofera.