Kao i većina udruga, glavni je cilj Indiga zbrinjavanje zlostavljanih i napuštenih životinja. Osim samog zbrinjavanja, cilj nije samo udomiti životinju, nego i pronaći kompatibilnog vlasnika.

Edukacija budućih i trenutačnih vlasnika životinja je primarna. Većinom vlasnici udomljuju životinje po ljepoti dok s druge strane ne obraćaju pozornost na karakter i sebe i životinje.

Udruga Indigo nudi svim osobama koje udome pse školicu za pse – osnovne ponašanja potpuno besplatno. Ideja o školici za pse (i vlasnike) nastala baš zbog tog razloga što mnogi vlasnici možda nisu imali psa, ili ne poznaju tu pasminu ili osnove ponašanja i rada sa psom. Osim toga, školica omogućuje kvalitetniji odnos vlasnika i ljubimca te samim time udruga se brine da je pas zbrinut po svim pravilima.

Osim školice za pse, udruga se bavi socijalizacijom i resocijalizacijom zlostavljanih i traumatiziranih pasa te edukacijom ljudi o takozvanim 'opasnim' pasmina.

Udruga Indigo se ističe i po tome što uključujuće u svoj rad i edukaciju, zbrinjavanje i udomljavanje egzotičnih životinja. Iako je to manje poznato, no postoji i jako mnogo gmazova koji se napuštaju i/ili zlostavljaju. Ljudi nisu dovoljno educirani na tom području pa udruga ima za cilj educirati ljude kako bi približila novim i starim vlasnicima što zapravo znači imati egzotičnu životinju, koji se uvjeti moraju ostvariti i što zapravo znači držanje egzotične životinje.

Edukacija kako i kome prijaviti zlostavljanje životinje, kako se ponašati i kako pristupiti zlostavljanoj i napuštenoj životinji također je sastavni dio misije udruge Indigo.