Drlju je tužiteljstvo teretilo za neposredno počinjenje zločina nad šestero civila kao i za nesprječavanje podređenih u ubijanju civila i paljenju njihovih domova, a Krajinu za zapovjednu odgovornost.

Tijekom dvije i pol godine postupka kroz sudnicu suca Zdravka Majerovića prošlo je više od 70 svjedoka, među njima i niz bivših specijalaca i njihovih zapovjednika od Željka Sačića, koji je u odvojenom postupku osumnjičen jer nije poduzeo ništa kako bi spriječio taj zločin ni kaznio počinitelje, do ratnog zapovjednika cijele specijalne policije Mladena Markača. On je kazao da ga za Grubore nitko nije pitao sve do 2001. iako je pripremio opsežan spis s izjavama svih terenskih zapovjednika.

Glavni tajnik HDZ-a te bivši zamjenik ravnatelja policije Milijan Brkić priznao je na sudu da je tijekom istrage kontaktirao osumnjičene i moguće svjedoke zločina, no sve je navodno radio u dogovoru s glavnim državnim odvjetnikom Mladnom Bajićem.

Svjedoci su govorili i o mogućim manipulacijama s izvješćima pa je tako bivši zapovjednik jedinice Josip Čelić kazao da je prvo izvješće pisao prema onome što su mu prijavili zapovjednici grupa na terenu, drugo po Sačićevom diktatu, a treće po povratku u bazu u Lučkom.

Kako su neki svjedoci tijekom suđenja mijenjali iskaze, a većina sudionika akcije, osim za zločine, nije znala niti tko su im bili nadređeni na mjestu zločina napravljene su dvije rekonstrukcije.

Za zločin u Gruborima, koji se dogodio uoči prolaska Vlaka slobode kojim je državni vrh nakon Oluje išao za Split, sudilo se i Igoru Beneti. No, on je u travnju 2011. pronađen obješen u šumi pored Otišića. Iako je policija izvijestila da je riječ o samoubojstvu Sačić je javno izrazio sumnju da je Beneta ubijen.

Dvojica optuženika od početka su poricali krivnju, a Drljo je u svojoj obrani kazao i da ga kao "časnika, vjernika i čovjeka" zgrožava zločin opisan u optužnici.