Kao zapovjednik Varaždinskog korpusa, Trifunović se na početku rata u Hrvatskoj predao i tako izbjegao sukob i spasio ljudske živote. Zbog toga mu se u Srbiji tri puta sudilo. Osuđen je za izdaju i dobio je kaznu od 11 godina zatvora. Vrhovni sud je kasnije donio konačnu presudu od sedam godina zatvora, i to zbog 'predaje naoružanja i vojne opreme', da bi se tek 2010. odustalo od optužnice.

U Hrvatskoj je, zbog ratnog zločina protiv civilnog stanovništva, u odsutnosti osuđen na 15 godina zatvora, a protiv njega se i u Sloveniji vodi sudski postupak. Trifunović već 22 godine živi u sobi od devet kvadrata u beogradskom hotelu Bristol, piše Danas

'Rješenje na koje se žalimo ponovilo je sve stare navode iz prethodnih rješenja koja su bila ukidana u ovom postupku za dobivanje stana, koji traje već više od deset godina. Suština svih ovih odluka, uključujući posljednju, je da Trifunović nema pravo na stan zato što član njegovog domaćinstva, njegova kćerka, koristi stan u Zagrebu, koji je nekada dodijeljen Trifunoviću', rekao je za Danas Vladimir Đerić, Trifunovićev odvjetnik. On objašnjava da je problem s ovakvom odlukom to što Ministarstvo zaobilazi činjenicu da Trifunovićeva kćerka nije član njegovog domaćinstva već više od 20 godina, kao i to da se on ne može pojaviti u Hrvatskoj jer bi ga odmah uhitili zbog toga što je u toj zemlji osuđen za ratne zločine.

'Međutim prvostupanjski organ Ministarstva obrane uopće se ne bavi ovim argumentima koje već godinama ponavljamo. U tom svjetlu apsurdno izgleda njegov zaključak da se 'imenovani smatra stambeno riješenim', kako se u rješenju navodi, osim ako pod tim nisu smatrali da se Trifunović treba predati hrvatskim vlastima i otići na izdržavanje kazne zatvora kao način rješavanja stambenog pitanja', naglašava Đerić.

Naime generalu Trifunoviću je 2000. priznato pravo na rješavanje stambenog pitanja i davanje stana u zakup, ali je to rješenje Ministarstvo obrane osporilo. Kasnije je Upravni sud odlučio da u tom slučaju nije postupano u skladu sa zakonom.