Prelet HSS-a s desnog krila političkog spektra nalijevo u izborni tabor Narodne koalicije, izazvao je val nezadovoljstva među dijelom članstva. Kriza je kulminirala nakon poraza Narodne koalicija na izvanrednim parlamentarnim izborima, kad je predsjednik Krešo Beljak suspendirao stotinjak članova, među kojima i europarlamentarku Marijanu Petir i koprivničko-križevačkog župana Darka Korena. Posljednji događaji samo su kulminacija krize identiteta i rezultata, u kojoj se HSS nalazi praktički od samog proglašenja hrvatske nezavisnosti
Iako na temelju njihove neslavne sadašnjosti neupućeni ne bi tako zaključili, HSS je stranka slavne prošlosti, prije svega zahvaljujući svom utemeljitelju Stjepanu Radiću (s bratom Antunom) koji je u povijesti ostao upamćen zbog svoje borbe protiv jugoslavenskog unitarizma. U toj borbi je i izgubio život nakon što ga je radikal Puniša Račićustrijelio u beogradskoj skupštini. Program stranke temeljio se na nauku braće Radić o moralu, vjeri, miru i poštenju, borbi za slobodu, pravicu i napredak, ali se prilagođivao političkim prilikama.
Usprkos sloganu 'vjera u Boga i seljačka sloga', važno je naglasiti da HSS nije bio klerikalna stranka, a Stjepan Radić je često kritizirao Kaptol. Naime, mnogi akteri iz hrvatskog političkog života, pa i samog HSS-a, od te stranke danas očekuju da bude na braniku klerikalizma u Hrvatskoj. Ako nisu upoznati s likom i djelom slavnog Stjepana Radića, radi povijesnog pamćenja valja podsjetiti na poruku koju je Radić još daleke 1924. godine poslao tadašnjoj javnosti i kleru iz Krašića, rodnog mjesta Alojzija Stepinca. 'Kada naši biskupi pišu političko pismo i kad hoće da budu hrvatskom narodu političke vođe, moja je i naša dužnost da to prosudimo i ako treba i osudimo', rekao je tada Radić.
Zbog stalnog opozicijskoga držanja stranka je bila pod udarom režima, a otkako je pristupila 1924. Seljačkoj interancionali u Moskvi, na stranku je primijenjena Obznana (dokument kojim je Kraljevina Srba, Hrvatska i Slovenaca zabranila rad Komunističke partije i bliskih joj organizacija i sindikata); ipak, u godinama koje su slijedile HSS je pregovarao s režimom i sudjelovao u jugoslavenskim vladama. Temeljem sporazuma Cvetković-Maček formirana je Banovina Hrvatska, teritorijalna samouprava unutar Jugoslavije u kojoj je HSS preuzeo vlast. Međutim, nakon izbijanja Drugog svjetskog rata, HSS gubi na važnosti i počinje marginalizacija koja traje do danas.
Nakon uspostave NDH stranka je bila zabranjena, predsjednik Vladko Maček interniran, a ostali prvaci često zatvarani. Dio HSS-a pristupio je ustaškomu pokretu, drugi dio pridružio se partizanima, a glavnina članstva ostala je vjerna predsjedniku Mačeku, koji je zagovarao politiku čekanja i distanciranja i od ustaša i od partizana, vjerujući da će pobjedom zapadnih Saveznika biti uspostavljen liberalno-demokratski sustav, a HSS vraćen na vlast, navodi se Hrvatskoj enciklopediji. U svibnju 1945. Maček odlazi u emigraciju, dio stranke koji se pridružio partizanima osnovao je stranku pod starim imenom HRSS (Hrvatska republikanska seljačka stranka), a prvaci HSS-a u rujnu 1945. u Zagrebu odbacili su zamisao o ujedinjenju s HRSS-om, pa su bojkotirali izbore kako ne bi priznali komunističku vlast. Ubrzo je HSS prestao djelovati u zemlji, a njegovi su prvaci bili zatvoreni i osuđeni na dugogodišnji zatvor.
U inozemstvu je HSS nastavio djelovanje pod vodstvom Vladka Mačeka i nakon njegove smrti Juraja Krnjevića. No stranka se nije uspjela nametnuti kako vodeća hrvatska politička sila u egzilu te je smrću Krnjevića 1988., samo godinu dana prije nego je osnovan HSLS, prva demokratska stranka u bivšoj Jugoslaviji, HSS prestao djelovati. HSS u nezavisnoj Hrvatskoj obnovio je Drago Stipac na inicijativu predsjednika Središnjeg odbora HSS-a u inozemstvu Josipa Torbara, kao nositelja kontinuiteta i legitimiteta stranke, objedinivši tri različita HSS-a u jednu stranku.
Međutim, dok se HSS konsolidirao, HDZ je već zauzeo centralno mjesto na političkoj sceni u nezavisnoj Hrvatskoj kao pokret koji je omogućio stvaranje države i kao stranka koja ima središnju poziciju pri predstavljanju konzervativnog dijela stanovništva. Pošto se HDZ zagovara u potpunosti iste vrijednosti za koje se zalaže i HSS poput demokršćanstva, socijalno uvjetovanog kapitalizma već tada je bilo jasno da stranci predstoje godine tavorenja u sjeni nove moćne stranke koja se predstavlja zaštitnicom hrvatskog naroda. HSS-u je preostalo jedino pokušati se prikazati zaštitnicima seljaka i seljaštva. Zašto su kasnije i kada su imali priliku formirati vlast inzistirali da imaju kontrolu nad Ministarstvom poljoprivrede. To im je pošlo za rukom dva puta, a koliko su bili uspješni govori (katastrofalno) stanje hrvatske poljoprivrede, sela i seljaštva danas.
Većinu devedesetih godina stranka je provela u debeloj oporbenoj hladovini, a iz toga vremena ostao je upamćen jedino zastupnik Josip 'Joža' Pankretić, istinski borac za prava seljaka i 'narodnu pravicu'. Pankretićeva popularnost prelazila je granice seljačke stranke zbog osebujnog stila i izričaja koji je podsjećao na izvorni radićevski HSS, a mnogi su ga doživljavali kao istinskog narodnog tribuna.
Nakon smrti Drage Stipca stranku je 1995. godine preuzeo Zlatko Tomčić i uveo je u vlast 2000. godine osvojivši 17 saborskih mandata. Na izbore su tada izašli na zajedničkoj listi s HNS-om, LS-om, IDS-om i Akcijom socijaldemokrata Hrvatske (ASH). Pod Tomčićem HSS je doživio svoje najsvjetlije trenutke od hrvatske nezavisnosti. Tomčić je postao predsjednik Sabora, a bio je i vršitelj dužnosti predsjednika Republike 16 dana u veljači 2000. godine. Valja istaknuti da je HSS predstavljao snažnu osovinu Račanove vlade, posebno nakon izlaska HSLS-a iz koalicije. Visoke funkcije (ministarske/potpredsjedničke) u Račanovoj vladi obnašalo je, ovisno o periodu, četvero, petero HSS-ovaca.
Na izbore 2003. godine stranka je izašla samostalno te je osvojila 177 tisuća glasova i deset mandata, ali je ostala u oporbi. Zbog neuspjeha na izborima Tomčić je ubrzo izgubio unutarstranačke izbore, a na čelu ga je smijenio Josip Friščić koji je stranku poveo udesno. Na sljedećim izborima pod vodstvom Friščića, HSS opet nastupa samostalno i opet osvajala 161 tisuću glasova u koaliciji s HSLS-om i PGS-om te sa šest zastupnika ulazi u Sabor.
Nakon izbora HSS dogovara koaliciju s Ivo Sanaderom i ulazi u vladu. Međutim, na polovici mandata Ivo Sanader naprasno odlazi s mjesta šefa vlade, a potom se protiv njega podižu optužnice za korupciju. HSS je, međutim, ostalo lojalan HDZ-ovoj vladi koju je do kraja mandata dovela Jadranka Kosor, što ih je vjerojatno stajalo dobrog dijela popularnosti i drastičnog gubitka glasova. Na izborima 2011. godine osvajaju svega 71 tisuću glasova i jedan saborski mandat te ostaju u oporbi. Pod vodstvom Josipa Friščića, a potom i njegova nasljednika Branka Hrga, stranka se sve više pretvara u lokalnu stranku koja postoji samo na području II. Izborne jedinice i glasove dobiva samo na području Koprivničko-križevačke županija gdje su oba bili župani.
Pod vodstvom Branka Hrga potpora stranci je dodatno kopnjela. Iako su na izborima 2015. godine izašli u koaliciji s HDZ-om, osvojili su tek jedan mandat i oko 30 tisuća glasova, što je manje od broja članova stranke. Nakon Hrga za šefa 'seljaka' došao je samoborski gradonačelnik Krešo Beljak koji je obnovio suradnju sa SDP-om i na koalicijskoj listi uspio osvojiti pet saborskih mandata za sličan broj glasova kao Hrg na izborima prije godinu dana. Zbog koaliranja sa SDP-om, Beljak je suočen s pobunom članstva, a posljednjih godinu dana može se reći da HSS doživljava najdramatičnije trenutke u svojoj novijoj povijesti.
