Namjera mu je smijeniti načelnika Glavnog stožera, generala Josipa Lucića, i na njegovo mjesto postaviti generala Darka Grdića, sadašnjeg ravnatelja Vojno-sigurnosne obavještajne agencije. Na njegovo bi mjesto trebao doći sadašnji Grdićev zamjenik, general Ognjen Preost

Predsjednik je navodno odmah nakon povratka iz Rusije razgovarao s premijerkom Jadrankom Kosor i iznio joj tu zamisao. Zbog cjelokupne procedure i s obzirom na to da će još kratko vrijeme biti na Pantovčaku, Mesić je od Kosor zatražio da se o njegovoj zamisli izjasni do danas ili najkasnije sutra.

General Lucić je načelnik Glavnog stožera od 15. siječnja 2003. i već je nekoliko puta bio pred smjenom, posljednji put prije tri mjeseca, kada je Mesić o tome razgovarao i s premijerkom Kosor. Drugi petogodišnji mandat istječe mu 2012.
Zato pomalo čudi činjenica da Mesić sada, mjesec dana prije kraja mandata, traži promjene u vojnom vrhu. Poznavatelji situacije tvrde da da bi Mesić ovim potezom i nakon odlaska s Pantovčaka mogao imati uvid u stanje u vojno-obavještajnoj agenciji i vojsci pa ne želi promjene u vrhu vojske ostaviti svom nasljedniku, tvrde izvori.

Stoga bi Lucića zamijenio generalom Grdićem, koji slovi za njegova čovjeka. Nije tajna da je na mjesto ravnatelja VSOA-e došao uz pomoć Saše Perkovića, predsjednikova savjetnika za nacionalnu sigurnost s kojim je i rodbinski povezan.

U tome nije nevažna činjenica da će kao bivši predsjednik kao svog savjetnika u Grškovićevu ulicu povesti upravo Sašu Perkovića. Grdića se smatra jednim od najobrazovanijih generala i časnika koji bi bio po volji zapovjedništvu NATO-a.
U Bruxellesu je, naime, proveo četiri godine kao hrvatski vojni izaslanik pri NATO-u. No, u kuloarima se podsjeća da je upravo on u razdoblju od 1994. do 1998. bio načelnik Uprave rodova. Njegova zadaća bila je propisivanje dokumentacije za upotrebu raznih rodova i postrojbi te za korištenje različitog streljiva.

U to pripada i reguliranje dokumentacije o upotrebi topništva. Stoga se smatra da bi i on mogao odgovarati na pitanja o načinu vođenja topničkih dnevnika u vrijeme operacija Bljesak i Oluja, o propisanoj proceduri, tko ih je trebao voditi i slično.

Brigadni general Ognjen Preost također je u krugu Mesićevih generala. Predsjednik mu nikada nije zaboravio činjenicu da je 2001. u vrijeme pobune alkara stao na njegovu stranu, zbog čega je bio izbačen iz Alkarskog društva.
Poznato je i da ga se 2000. godine spominjalo kao sudionika operacije Kameleon, koja je obuhvaćala praćenje i prisluškivanje nevladinih organizacija. Prije godinu dana izvanredno je promaknut u čin generala, čime je postao najmlađi časnik tog ranga u povijesti Oružanih snaga. Preosta se već nekoliko puta u javnosti 'selilo' na mjesto ravnatelja VSOA-e, posebno nakon smrti bivšeg ravnatelja te agencije, generala Čačića.

No Mesić imenovanja želi riješiti u paketu i po vlastitoj želji razmjestiti Preosta i Čačića. Pritom, to čini vrlo lukavo jer, prema Zakonu o obrani, predsjednik imenuje načelnika Glavnog stožera na prijedlog Vlade i nakon pribavljenog mišljenja saborskog Odbora za obranu. Predsjednik načelnika GS-a može razriješiti izravno ili na prijedlog Vlade i na temelju mišljenja saborskog Odbora.

Shodno tome, Mesić uvijek može reći da je Grdića i Preosta predložila premijerka, a da se s tim prijedlozima složio i saborski Odbor. Čak i u tom slučaju predsjednik može reći kako nije primjereno da potpisuje imenovanje zapovjednika vojske mjesec dana prije kraja mandata te to prepustiti svojem nasljedniku ili nasljednici.