Na beogradskom suđenju optuženima za ubojstvo Pukanića i njegova suradnika Nike Franjića, obrana jednog od trojice optuženika, Željka Milovanovića, osporila je regularnost suđenja, nakon čega su Jocićeva i Kuzmanovićeva obrana zatražile razdvajanje postupaka.

Jocić je pak izjavio da nema 'ništa ni s kim' i da nije kriv. Milovanovićeva je obrana upozorila da je Milovanović optužen za isto djelo i u Hrvatskoj i u Srbiji, ustvrdivši kako se ne može za isto djelo suditi u dvjema državama te da neće biti jasno što činiti ako u jednoj bude oslobođen, a u drugoj osuđen.

Milovanovićevi odvjetnici također su osporili valjanost dokaza dobivenih iz Hrvatske putem međunarodne pravne pomoći. Jocićeva obrana predložila je pak razdvajanje postupka kako bi Jocić mogao iznijeti obranu, što je on podupro izjavivši kako nije kriv.

Kuzmanovićeva je obrana također zatražila da se protiv njega vodi izdvojen postupak, nakon čega se zamjenik državnog odvjetnika usprotivio razdvajanju postupaka te od suda zatražio da odbaci zahtjeve obrana optuženika. Dodao je kako će se valjanost pribavljenih dokaza i zakonitosti njihova pribavljanja utvrditi sudskim postupkom.

Sudsko vijeće potom je odredilo stanku kako bi odlučilo o zahtjevima. Posebno odvjetništvo u Beogradu podignulo je 26. listopada 2009. optužnicu protiv Sretena Jocića, Željka Milovanovića i Milenka Kuzmanovića zbog kaznenih djela zločinačkog udruživanja i teškog ubojstva.

Njih trojica su optužena da su za novčanu nagradu, ne manju od 1,5 milijuna eura, nakon duljeg praćenja Pukanića, u listopadu 2008. pripremili eksplozivnu napravu koju su postavili na kupljeni skuter, koji je dovezen i parkiran uz Pukanićev automobil u dvorištu njegove medijske tvrtke u Zagrebu.

Za ubojstvo Pukanića i Franjića u Zagrebu se od 3. veljače vodi sudski postupak protiv Roberta i Luke Matanića, Amira Mafalanija i Slobodana Đurovića, kojima se poslije na optuženičkoj klupi pridružio i Bojan Gudurić.