Napad na Ahmiće izvela je 4. bojna Vojne policije HVO-a i Jockeri, jedinica za posebne namjene Vojne policije pod zapovijedanjem Vlade Ćosića, Ante Furundžije i Paška Ljubičića. Akcija je bila dio ofenzive postrojbi HVO-a kojima je cilj bio zavladati širim područjem u Lašvanskoj dolini i cestom koja povezuje Travnik, Vitez i Busovaču da bi se ostvarilo etnički čisto područje koje bi kontrolirale hrvatske snage. U to vrijeme Srbi su kontrolirali 70 posto teritorija susjedne države pa su se dojučerašnji saveznici Muslimani i Hrvati okrenuli jedni protiv drugih.

Hrvatsko stanovništvo u Ahmićima i drugim obližnjim selima koja su napadnuta istog dana prethodno je bilo upozoreno da će krenuti napad. Selo je okruženo s tri strane, a s četvrte je postavljena stupica od snajperista koji su ubijali sve koji su krenuli u tom smjeru. Organizirane su grupe od pet do deset vojnika koji su čistili kuću po kuću, a teško topništvo pomagalo je pješaštvu uništiti što ono nije moglo. Pogođena je i džamija koju je kasnije minirao i u potpunosti srušio Miroslav Bralo.

Većina žrtava ubijena je iz neposredne blizine, a neki muškarci su ubijeni vezani. Oko dvadesetak osoba ubijeno je i u Donjim Ahmićima dok su pokušavale pobjeći. Neke žrtve su pronađene u neprepoznatljivom stanju te se pretpostavlja da su bile žive zapaljene, i to najvjerojatnije bacačima plamena. Sve muslimanske kuće u Ahmićima, ali i u okolnim selima, zapaljene su i uništene.

Međunarodni sud za ratne zločine zbog toga je osudio više visokih časnika HVO-a, kao i šefa HDZ-a Srednje Bosne Darija Kordića, koji je osuđen na 25 godina zatvora. Marijo Čerkez dobio je 15 godina, a zapovjednik operativne zone Tihomir Blaškić devet godina zatvora. Blaškić je prvotno osuđen na 45 godina zatvora, ali mu je kazna smanjena nakon što je na sudu dokazana paralelna linija zapovijedanja, tj. da je punu zapovjednu kontrolu nad hrvatskim jedinicama imao Kordić, a ne Blaškić. Neposredni počinitelji tog ratnog zločina - Paško Ljubičić, Vlado Ćosić, Ante Slišković i Tomo Vlajić - godinama su pod lažnim identitetom skrivani u Hrvatskoj. Akciju spašavanja zločinaca iz Ahmića vodio je Markica Rebić, tadašnji šef SIS-a. Oni su pod lažnim imenima tajno boravili u predgrađu Zagreba i zaleđu Zadra, a servisirali su ih general Ljubo Ćesić Rojs i hercegovački šef policije Valentin Ćorić, kojemu se također sudi zbog ratnih zločina. Razlog skrivanja se najvjerojatnije krije u činjenici da su neki od njih, poput Paška Ljubičića, bili djelatnici SIS-a, što direktno dovodi u vezu Republiku Hrvatsku sa zbivanjima u Srednjoj Bosni tijekom hrvatsko-bošnjačkog rata i što je konkretni razlog za ispriku koju je jučer uputio predsjednik Ivo Josipović.

Zbog tog zločina još su osuđeni zapovjednik Vojne policije HVO-a u Srednjoj Bosni Vlado Šantić te Drago Josipović, koji suosobno sudjelovali u napadu na Ahmiće. Prvi je u Haagu osuđen na 18, a drugi na 12 godina zatvora. Na deset godina u Haagu je osuđen i Miroslav Bralo, koji je osobno srušio ahmićku džamiju. Paško Ljubičić, ratni zapovjednik Vojne policije HVO-a, također je sudjelovao u zločinu, a osuđen je na deset godina zatvora.

Istog dana kad i Ahmiće, hrvatski će predsjednik obići Križančevo Selo, tridesetak kilometara udaljeno od Ahmića, u kojem su postrojbe Armije BiH pojačane mudžahedinima osam mjeseci nakon zločina u Ahmićima, 22. prosinca 1993, likvidirale 74 hrvatska civila i ratna zarobljenika. Ubijeni su izvučeni tek mjesec dana poslije zločina. Dio njih pokopan je u masovnoj grobnici, a do danas su još uvijek neidentificirane 22 žrtve tog zločina.