Riječ je o zločinima zbog kojih je Naletilić na hrvatskoj granici uhićen još 1997., gotovo tri godine prije predaje Haškom sudu na kojem je u međuvremenu osuđen pa pušten iz zatvora nakon izdržane dvije trećine 20-godišnje kazne.

Naletilića je na prvo ročište na kojem bi se trebala utvrditi njegova adresa i dostupnost sudu pozvao predsjednik zagrebačkog Županijskog suda Ivan Turudić koji i vodi postupak zbog otmice Roberta Nosića u policijskoj postaji Ljubuški 1993. te poticanja na ubojstvo Damira Brekala 1995. u Širokom Brijegu.

Zbog tih zločina za Naletilićem nije raspisana tjeralica pa nakon puštanja iz talijanskog zatvora na zagrebački sud dolazi sa slobode. Iako je optužnica zbog zločna u Ljubuškom i Širokom Brijegu podnesena još 1997. suđenje nikada nije počelo. Tek 2010. razmatrana je mogućnost da mu se sudi u odsutnosti.

Naletilića se tereti da je s 50-ak pripadnika Kažnjeničke bojne u studenom 1993. upao u policijsku postaju u Ljubuškom, razoružao stražare i načelnika postaje kako bi Nosića, kojega je smatrao odgovornim za smrt jednog pripadnika Kažnjeničke bojne, odveo u Mostar. Pripadnik hercegovačkog HOS-a Nosić se kasnije vodio kao nestala osoba, iako je po medijskim napisima ubijen nedugo nakon otmice.

U optužnici se Naletilića tereti i za zlostavljanje Brekala u Duhanskoj stanici u Širokom Brijegu 1995. Brekalo, koji je prije stupanja u HVO bio poznat pod imenom Amir, u međuvremenu je također osuđen zbog ratnog zločina, a kaznu služi u Zenici.

Na Haškom sudu Naletilić je kažnjen zbog zločina protiv čovječnosti, kršenja ratnog prava i običaja te teških povreda Ženevskih konvencija počinjenih protiv Bošnjaka na području Mostara i Jablanice tijekom hrvatsko-bošnjačkog sukoba 1993. i 1994.

Zajedno s bivšim zapovjednikom Kažnjeničke bojne osuđen je i Vinko Martinović Štela koji je 18 godišnju kaznu također izdržavao u Italiji. Nakon prijevremenog puštanja na slobodu i njega je na zagrebačkom Županijskom sudu dočekalo suđenje za ubojstvo u Hercegovini.