Prema zapriječenoj kazni za počinjenje krivičnih djela protiv čovječnosti i međunarodnog prava ratnim zločinom protiv civilnog stanovništva za suđenje je nadležan županijski sud, a budući da je mjesto inkriminacije Varaždin, stvarno i mjesno nadležan za suđenje trebao bi biti Županijski sud u Varaždinu, kao što je to i bio Okružni sud u Varaždinu koji je prije 20 godina donio prvostupanjsku presudu u ovom predmetu. Međutim, u međuvremenu su za suđenje u predmetima ratnih zločina osnovani posebni sudski odjeli u županijskim sudovima u Zagrebu, Splitu, Rijeci i Osijeku. Stoga će se po pravomoćnosti rješenja o nenadležnosti predmet dostaviti stvarno i mjesno nadležnom Županijskom sudu u Zagrebu.

Trifunović i Popov, koji su osuđeni zatvorskom kaznom u Beogradu zbog 'podrivanja vojne i obrambene moći', dva puta su u Hrvatskoj podnosili zahtjev za ponavljanje krivičnog postupka u kojem su osuđeni za ratni zločin. Prvi zahtjev im je odbačen 1999, a Županijski sud u Varaždinu odbacio je i drugi zahtjev dvije godine kasnije. Međutim, na potonje rješenje Vrhovni sud je 2005. godine prihvatio je žalbe Trifunovića i Popova te je predmet vratio na ponovno odlučivanje. No Županijski sud u Varaždinu 2007. opet odbija njihov zahtjev. Trifunović i Popov ponovno podnose žalbe koje Vrhovni sud ove godine prihvaća te ukida pobijano rješenje i slučaj prosljeđuje prvostupanjskom sudu na ponovno suđenje.

U kolovozu ove godine varaždinski Županijski sud prihvatio je zahtjeve Trifunovića i Popova za obnovu kaznenog postupka. Takva odluka donijeta je nakon pribavljanja podataka i izvida te ispitivanja svjedoka: Radimira Čačića, Čedomila Cesarca, Stjepana Adanića, Ivana Rukljića, Milana Lackovića, Mirka Ramušćaka i Stjepana Mesića.

Za obnovu postupka ključno je bilo svjedočenje Radimira Čačića. Tako je iz iskaza svjedoka Čačića sud zaključio da Trifunović nije zatražio borbeno djelovanje zrakoplova JNA po varaždinskom civilnom aerodromu 15. rujna 1991. godine. Iz zapisnika o ispitivanju Živote Avramovića pred Vojnim sudom u Beogradu proizlazi da je zrakoplovstvo na Varaždin upućeno po njegovom zahtjevu, a to je sukladno iskazu svjedoka Mesića koji je saznao da je Trifunović odbijao provesti naređenja Avramovića, komandanta tadašnje zagrebačke vojne oblasti.

Što se tiče Trifunovićeve krivnje da je naredio da se ispaljuju minobacačke granate po središtu Varaždina i na trafostanicu Nedeljanec te ostale civilne objekte, Čačić je tijekom svjedočenja rekao da niti on niti ostali koji su sudjelovali u pregovorima oko mirne predaje nisu imali ni dojam ni mišljenje da se od strane JNA granatiraju civilni ciljevi, odnosno da se granatiralo bez izbora cilja, što bi obuhvaćalo granatiranje vojnih i civilnih ciljeva bez razlikovanja.

U svezi pada granata JNA na samo središte Varaždina Čačić je rekao da su njima ustvari gađani vojni ciljevi, a ne civilni objekti koji su pogođeni. Naime, kako je pojasnio, na početku sukoba u Varaždinu policijski stožer je iz zgrade Policijske uprave premješten u podrum poslovne zgrade tvrtke Coning koja se nalazi u samom središtu grada, nakon čega je ta zgrada postala vojni cilj i predmet granatiranja od strane JNA. Tijekom tog granatiranja, kako je rekao, nekoliko granata je zbog promašaja palo oko Gradske vijećnice koja je nekoliko desetaka metara udaljena od poslovne zgrade Coninga.

U pogođenom MIV-u, kako je pojasnio, izrađivalo se naoružanje za potrebe oružanih snaga Republike Hrvatske zbog čega se radilo o vojnom cilju, a za trafostanicu u Nedeljancu, u kojoj je prilikom granatiranja tjelesno ozlijeđen zaposlenik Zdravko Benković, naveo je da se radilo o strateškom objektu, pa time i o vojnom cilju.

U svezi oštećenja civilnih objekata oko vojarne Jalkovečke žrtve Čačić je naveo da je s vojnog stanovišta, odnosno s pozicije tzv. JNA, bilo potrebno napasti okolicu vojarne koja se nalazila u blokadi od strane oružanih snaga Republike Hrvatske, budući da su se te oružane snage nalazile u okolici vojarne, zbog čega i oštećenje civilnih objekata u okolici vojarne Jalkovečke žrtve valja promatrati sa stanovišta gađanja vojnih ciljeva, a ne civilnih ciljeva.