Jedna od ključnih aktivnosti ministra Polančeca je priprema i realizacija velikih privatizacijskih projekata. Iako je u razdoblju njegovog predsjedavanja upravnim odborom HFP-a privatizacija išla usporenim tempom, dobar dio odrađenih privatizacijskih poslova pretvorio se u slučajeve. Tako se još uvijek vuku repovi iza privatizacije Ine, Sunčanog Hvara, Željezare Split, a i najnoviji neuspjeh u prodaji škverova otvara pitanje odgovornosti glavnog arhitekta privatizacije. Drugi važan posao ministra Polančeca je rješavanje problema u velikim državnim kompanijama. Kako je obavljao taj posao, pokazuju brojne afere u državnim tvrtkama poput HEP-a, a osobito megaafera koja potresa Podravku, kompaniju iz koje je ponikao i zadržao u njoj odlučujući utjecaj.

1) Političko-menadžerski reket u Podravci

Iako Polančec opovrgava umiješanost u osmišljavanje i provedbu tajnog plana menadžerskog preuzimanja Podravke, dobro upućeni u poslovanje Podravke sigurni su da mutni poslovi oko kreditiranja kupnje Podravkinih dionica za račun menadžera nisu mogli proći bez njegova blagoslova. Otkako je 2005. na inicijativu bivšeg premijera Sanadera napustio čelno mjesto u Podravci i ušao u Vladu, Polančec je u ime HDZ-a zadržao ključnu ulogu u postavljanju čelnih ljudi u koprivničkoj tvrtki. Koliko snažan utjecaj je Polanačec imao u Podravki, svjedoči i slučaj propale tvornice obuće Sloga, za čije je neuspješno spašavanje osigurao kredit od Podravke u iznosu od pet milijuna kuna. Kriminalistička istraga koja je zbog afere Spice pokrenuta u Podravci mogla bi pod povećalo staviti i unosne ugovore koje je koprivnička tvrtka sklapala s tvrtkama u vlasništvu Nevija Prloga, lokalnog poduzetnika kojeg s ministrom Polančecom i predsjednikom uprave Šestakom veže kumstvo.

2) Debakl u privatizaciji brodogradilišta

Samo dvije slabe ponude za kupnju škverova potvrdile su negativna očekivanja stručnjaka i pokopale neutemeljeni optimizam ministra Polančeca, koji je uporno pokušavao utišati zloguke proroke tvrdeći da postoji ozbiljan interes za privatizaciju hrvatskih brodogradilišta. Pokazalo se da su ozbiljni ulagači ostali po strani nakon sagledavanja dubioza koje značajno premašuju one prikazane u ponudbenoj dokumentaciji. Polančecovo otvoreno favoriziranje kontroverznog hrvatskog poduzetnika Danka Končara kao glavnog kandidata za kupnju škverova najbolji je primjer loše procjene izbora 'konja za utrku'. Upravo je Končar prvi odustao pravdajući se znatno većim gubicima brodogradilišta od prikazanih. 'Nitko neće ulagati u vreću bez dna', kratko je komentirao svoje odustajanje. Sudeći prema reakcijama većine sudionika i zainteresiranih strana nakon prvog kruga prodaje, velika hrvatska brodogradilišta bliža su stečaju nego uspješnoj privatizaciji.

3) MOL-u osigurao potpunu prevlast u Ini

Polančec je bio glavni pregovarač s MOL-om u drugom krugu privatizacije Ine i potpisnik ugovora o prodaji dionica. Ovih dana proziva ga se da ugovor između MOL-a i Vlade nije predočen javnosti, a praksa pokazuje da je MOL sa 47 posto dionica Ine (samo tri posto više od države) preuzeo dominaciju u upravi i nadzornom odboru. Premda je i premijerka Kosor tražila na uvid taj dokument, zasad još nije pokrenuta odgovornost Polančeca za neravnomjernu raspodjelu funkcija.

Kao član nadzornog odbora Ine, Polančec snosi i odgovornost za nepodmireni dug Ine državi koji se popeo na dvije milijarde kuna. Poseban problem je prodaja plinskog biznisa. U sklopu pregovora o preuzimanju Ininog plinskog biznisa dogovorena je kupnja skladišta Okoli za 514 milijuna kuna. Stručnjacima nije jasno zašto je država uopće kupovala to skladište, kad se u stvari radi o velikoj rupi u zemlji koju je Ina koristila kao koncesionar, a ne kao vlasnik. Proizlazi da je za 514 milijuna kuna kupljena tridesetak godina stara oprema svojedobno procijenjena na 43 milijuna kuna. Skladište bi možda i vrijedilo toliko da je prodano zajedno s plinom, međutim plin nije bio u cijeni, što je potvrđeno ovih dana.

4) Pogodovanje Orco grupi u Sunčanom Hvaru

Kvazi-javno privatno partnerstvo države i Orco grupe u Sunčanom Hvaru, koje je osmislio Polančec, brzo je ušlo u slijepu ulicu. Objavljivanjem ugovora o JPP-u postalo je jasno da Orco grupa ima više prava nego obveza, a i kada te obveze ne izvršava, Vlada joj je spremna progledati kroz prste. Tako je, unatoč odredbi da se vlasnički udio Orca od 50 posto neće povećavati, on povećan na 55 posto, uz realnu mogućnost da se na temelju Polančecovog plana iz ožujka ove godine poveća na 75 posto. Naime, nakon što se proljetos Sunčani Hvar našao pred bankrotom, Polančec je stao u obranu Orco grupe, predlažući plan koji je suprotna strana samo mogla poželjeti. Umjesto da se riješi partnera koji je pred bankrotom, Polančec pogoduje Orco grupi tako što predlaže da se likvidnost Sunčanog Hvara popravi prodajom dionica u vlasništvu države. Zanimljivo je da čak ni taj 'problematični' plan, prihvaćen na skupštini u ožujku, do danas nije proveden.

5) Promašena privatizacija Željezare Split

Kao predsjednik upravnog odbora Hrvatskog fonda za privatizaciju, Polančec je u ljeto 2007. amenovao prodaju Željezare Split poljskom Zlomrexu. Ambiciozni planovi poljske tvrtke pokazali su se neostvarivim već nakon godinu dana. Krajem veljače ove godine obustavljena je proizvodnja, a računi su blokirani zbog neplaćenih dugova koji su narasli na 46 milijuna kuna. Očajni radnici su se opet našli na ulici. Nakon višemjesečne agonije, Zlomrex je pobjegao glavom bez obzira, prodavši početkom rujna svoj udio engleskom fondu Carlson. Nakon te transakcije Polančec je još jednom izrekao frazu 'o nužnosti nastavka proizvodnje', premda je malo vjerojatno da je fond zainteresiran za tu opciju.