Za vrijeme života u Šibeniku Mate Mišo Kovač ljubovao je s vršnjakinjom Vesnom, no ostavio ju je nakon preseljenja u Zagreb, a tijekom ljetnih gaža na obali slomio je srce bogatoj Šveđanki Ingrid, čiji je otac imao četiri tvornice. Za Mišu se planirala udati, pa mu je u džepu već bila i avionska karta za Skandinaviju, no nije pristao na primamljivu bračnu ponudu.

Prvi brak zasnovao je s Ljubicom Komadinom početkom 70-ih. Skladatelj, autor, dugogodišnji glazbeni urednik u vodećim diskografskim kućama bivše države te umjetnički voditelj šibenskih Večeri dalmatinske šansone Dušan Šarac bio mu je vjenčani kum. Svojedobno je ispričao da se Ljubice sjeća kao vrlo vesele i društvene osobe.

Kako ona i pjevač nisu mogli imati djece, a Mišo je uživao reputaciju osobe za kojom je ludovala svaka žena, postepeno su se udaljili. Rastali su se nakon četiri godine braka, kad se on zaljubio u Miss teen Jugoslavije Anitu Baturinu. Splićanku je upoznao 1971. godine, a isprva su se viđali u tajnosti (Anita je imala 18 godina dok je Mišo imao 30 i bio je u braku).

'Imali smo dosta 'porođajnih muka' kad smo se sreli. Ona je bila gimnazijalka, ja oženjen čovjek. Stvarno sam želio da budemo zajedno', priznao je Mišo u jednom intervjuu. Kad započeli vezu, Anita je prekinula školovanje i život u roditeljskom domu te je pratila pjevača na turnejama.

Ljubica je nakon rastave od Miše u novom braku rodila dvoje djece. Preminula je od posljedica moždanog udara.

S Anitom se Mišo vjenčao 1973. godine, a u braku su 1975. dobili sina Edija te 1977. kćer Ivanu. Kad je mogao, na turneje bi vodio cijelu obitelj. Anita se brinula o njihovom domu i bila je posvećena djeci, a onda se dogodila velika tragedija. U travnju 1992. godine poginuo im je sin Edi (govorilo se i o samoubojstvu te ruskom ruletu, no Mišo je tvrdio da je njegov sin ubijen). Anita se nakon strašne tragedije okrenula vjeri, a kći Ivana ušetala je u život pun poroka iz kojeg se srećom izvukla uz veliku podršku obitelji. Mišo se povukao u sebe i počeo piti enormne količine tableta za smirenje.

A onda je uslijedila nova tragedija - njegov pokušaj oduzimanja života u siječnju 1999. godine. Samo nekoliko mjeseci kasnije dogodila se vijest koja je šokirala mnoge. Naime Mišo je odlučio napustiti obitelj i pronaći sreću u zagrljaju druge žene, 30-godina mlađe vidovnjakinje Silvije Conte Calvi Marković, nakon što mu je prišla u kafiću i rekla da mu može pomoći. Anita se nakon razvoda preselila u Tribunj te započela novu vezu i život s Vinkom Gulinom.

'Mišo je samo otišao iz našeg stana. Nakon nekoliko dana, koliko mi je trebalo da ga dobijem telefonom, našli smo se u motelu Plitvice na zagrebačkoj obilaznici. Dok smo sjedili za stolom i dok sam ga gledala, mogla sam samo reći da ne vjerujem da mu se to dogodilo. Samo je kratko rekao: 'Eto, dogodilo se.' Meni se to nikad ne bi dogodilo, pomislila sam i otišla iz motela. To je bio kraj naše ljubavi', ispričala je svojevremeno.

Silvija je ubrzo odlepršala, a s njom navodno i veća količina novca, a onda je 1998. Mišo upoznao Lidiju Pintarić, današnju suprugu koja mu je vratila mir. 'Postoje ljubavni parovi, ali oni imaju dvije duše. Lidija i ja imamo jednu dušu', ispričao je Mišo u razgovoru za Slobodnu Dalmaciju.

Slavni pjevač nerijetko je isticao da mu je upravo 32 godine mlađa Lidija vratila volju za životom te da 'uz nju svakog dana ima razloga za smijeh', a ona je otkrila da je to bila ljubav na prvi pogled. Vjenčali su se 2002. godine i danas su zajedno, njihova ljubav traje i dalje. Lidija je na koncertu u Splitu zdušno bodrila svog muškarca o kojem se pažljivo brine već godinama, isto kao i on za nju.