Stoičkov je u dva navrata igrao za katalonski klub. U prvom razdoblju početkom devedesetih osvojio je s Barcelonom četiri titule u Primeri i Ligu prvaka 1992. godine, pod vodstvom trenera Johana Cruyffa.

Nakon kratkog izleta u Parmu, Stoičkov je ponovo zaigrao za Barcelonu 1996. godine da bi se dvije godine kasnije vratio u Bugarsku, a zatim igrao po egzotičnim nogometnim zemljama poput Japana, SAD-a i Saudijske Arabije. Tvrdi da je napustio Barcu zbog Louisa Van Gaala.

'Ne poštujem ga, on je smeće. Jednog dana dok sam bio ozlijeđen u društvu supruge na Camp Nouu, došao je do nje i pitao ju kako se mogla udati za nekog poput mene. Zbog njega sam odlučiti otići u CSKA Sofiju,' otkrio je Hristo Stoičkov za L'Equipe, dok mu je Jose Mourinho kao Robsonov pomoćnik u klubu ostao u puno ljepšem sjećanju

'On je sve razumio. Znao je sve o našoj ekipi i o protivnicima. Već je bio kompletan trener, ali nikad nije mislio da vrijedi više od Robsona.'