Kako je prenijela televizija BHT 1, Čović je optužen za zloporabu službenog položaja i ovlasti u vrijeme dok je obnašao dužnost zamjenika predsjednika vlade i ministra financija Federacije BiH. Osim Čovića optužen je i tadašnji predsjednik federalne vlade Edhem Bičakčić.

U optužnici se navodi kako su njih dvojica odgovorna za nezakonito izdvajanje tri i pol milijuna konvertibilnih maraka (oko 1,800.000 eura) iz federalnog proračuna. Tim su novcem protuzakonito kupljeni i uređeni stanovi za federalne dužnosnike. Sud BiH navodno je već potvrdio optužnicu.

Čoviću je već suđeno pred sudom BiH za zloporabu položaja i ovlasti povezanu s protuzakonitim oslobađanjem plaćanja carinskih pristojba tvrtke 'Lijanovići' iz Širokog Brijega. U prvostupanjskom postupku Čović je osuđen na pet godina zatvora, no ta je presuda poništena, a državni se sud proglasio nenadležnim za taj slučaj te ga je prepustio pravosuđu Sarajevske županije.