Gongadzeovo tijelo bez glave nađeno je u okolici Kijeva nekoliko mjeseci nakon njegova nestanka 2000.

Policija je za njegovo ubojstvo optužila četiri osobe, a prošle su godine za to ubojstvo osuđena trojica osumnjičenika - dvojica na po 12, a jedan na 13 godina zatvora.

Državna služba sigurnosti izjavila je da su njezini agenti u središnjoj Ukrajini u utorak navečer uhitili i četvrtog optuženika Oleksija Pukača koji je u vrijeme ubojstva bio na čelu odjela za praćenje ministarstva unutarnjih poslova.

U rujnu 2000. Gongadze je u Kijevu ušao u, kako je mislio, taksi u koji su poslije ušle još tri osobe i odvezle ga izvan grada. Bio je pretučen te ugušen, a njegovo tijelo poliveno benzinom i zapaljeno. Stručnjaci su utvrdili da je njegova glava, koja još nije nađena, odrubljena pošto je umro.

Brojni su testovi potvrdili da su posmrtni ostatci Gongadzeovi.

Državni odvjetnici vjeruju da je Gongadzeovo ubojstvo uz pomoć trojice bivših policijskih djelatnika organizirao Pukač te da je on osobno ugušio novinara, rekao je Jurij Boičenko, glasnogovornik ureda državnog odvjetnika.

Gongadze je pisao o slučajevima korupcije na visokim državnim razinama, a njegovo je ubojstvo izazvalo bunu i višemjesečne prosvjede protiv tadašnjeg predsjednika Leonida Kučme pošto je ključni svjedok objavio audiosnimke na kojima se čulo kako jedan glas, koji podsjeća na Kučmin, sa sugovornicima priprema urotu protiv Gongadzea.

Novinarova obitelj vjeruje da su stvarni nalogodavci ubojstva još na slobodi.