Gostujući u HTV-ovoj emisiji 'Nedjeljom u 2' novinarka Jasna Babić podsjetila je na činjenicu da je Amnesty International Vladimira Šeksa, uz uhićenog Tomislava Merčepa, naveo kao ratnog zločinca
'Činjenica da se o toj vijesti više nimalo ne priča, da su informacije zataškavane, govori o tome da se on nalazi u velikim problemima', ocijenila je.
Naime, Amnesty International je početkom prosinca 2010. pozvao Državno odvjetništvo i sudove da istraže javno iznesene tvrdnje prema kojima su visoki politički i vojni dužnosnici poput Vladimira Šeksa, Tomislava Merčepa i Davora Domazeta sudjelovali u počinjenju ratnih zločina.
Kad je Šeks u pitanju, Amnesty je zatražio da se rasvijetli njegova odgovornost za ratne zločine u Slavoniji te istraže izjave svjedoka da je on kao šef Kriznog stožera za istočnu Slavoniju, uz Glavaša, bio formalni i stvarni gospodar zbivanja na tome prostoru 1991. godine.
U međuvremenu, zbog sumnje da je od 8. listopada do sredine prosinca 1991, kao savjetnik u MUP-u i zapovjednik pričuvne postrojbe MUP-a stacionirane u Pakračkoj Poljani i dijelom u 22. paviljonu Zagrebačkog velesajma, naređivao uhićenja, mučenja i ubojstva civila, uhićen je i pritvoren Tomislav Merčep. Tužiteljstvo tvrdi da je odgovoran za ubojstva i nestanak 43 ljudi s područja Zagreba, Kutine i Pakraca. Šestero žrtava preživjelo je mučenja.