Konačna presuda u najopsežnijem i najduljem procesu u povijesti Haškog suda, koja se očekuje krajem 2017., mogla bi imati dalekosežne posljedice po odnose dviju zemalja zbog kvalifikacije o udruženom zločinačkom poduhvatu.

Prvostupanjsko vijeće 2013. u presudi u predmetu 'Prlić i drugi' utvrdilo je da su prvi hrvatski predsjednik Franjo Tuđman, tadašnji ministar obrane Gojko Šušak i načelnik Glavnog stožera oružanih snaga Janko Bobetko osmislili i proveli navodni zajednički zločinački pothvat kojem je cilj bio promjena etničkog sastava teritorija koji je trebao ući u sastav Hrvatske Republike Herceg-Bosne tako što su navodno naređivali i koordinirali događaje na terenu kako bi počinili zločine koji su bili rezultat plana trajnog uklanjanja muslimanskog stanovništva s područja Herceg-Bosne. Područje Herceg-Bosne koje su imali pod kontrolnom, po mišljenju Haškog suda, planirali su odcijepiti od Bosne i Hercegovine (BiH) i pripojiti Hrvatskoj s ciljem stvaranja Velike Hrvatske.

Takvu kvalifikaciju mnogi u BiH tumače kao pravni dokaz da je Hrvatska izvršila agresiju na susjednu državu. Protivnici takvog tumačenja smatraju da Hrvatska i Franjo Tuđman nisu bili na optuženičkoj klupi te se ne mogu takvi zaključci izvlačiti iz suđenje šestorici drugih ljudi. Optužnica protiv šestorice BiH Hrvata podignuta je 2004., a suđenje je započelo 2006. Nepravomoćna presuda donesena je tek u ožujku 2013. Šest nekadašnjih vođa bosanskohercegovačkih Hrvata nepravomoćno je osuđeno na dugogodišnje kazne zatvora u rasponu od 10 do 25 godina.

Jadranko Prlić, nekadašnji predsjednik Vlade Hrvatske Republike Herceg-Bosne i predsjednik HVO-a osuđen je na 25 godina zatvora. Bruno Stojić, ministar obrane HRHB-a i dvojica načelnika glavnog stožera HVO-a Slobodan Praljak i Milivoj Petković osuđeni su svaki na 20 godina zatvora. Valentin Ćorić, zapovjednik Vojne policije HVO-a i ministar unutarnjih poslova HRHB-a osuđen je na 16 godina zatvora, a Berislav Pušić, načelnik odjela za razmjenu zatočenika, osuđen je na 10 godina zatvora. Haški sud navodi da je Praljak istovremeno s funkcijom u HVO-u imao i funkciju u Ministarstvu obrane Republike Hrvatske.

Nepravomoćnom presudom zaključeno je da su odgovorni za brojne zločine počinjene nad nehrvatskim stanovništvom u Bosni i Hercegovini između 1992. i 1994. - progon, premještanje i zatvaranje muslimanskog  stanovništva (Bošnjaci) u zatvore u Dretelju, Gabeli i na Heliodromu, u kojima su živjeli u uvjetima koji nisu u skladu s humanitarnim pravom. Također smatra ih se odgovornima za zločine koje su pripadnici HVO-a počinili tijekom vojnih operacija u Gornjem Vakufu, Jablanici, Prozoru i Mostaru pretežno tijekom 1993. te da su odgovorni za napade na članove međunarodnih organizacija.

Međutim, ono što iznimno žulja Hrvatsku upravo je konstrukcija koja je navedena u presudi, a odnosi se na postojanje udruženog zločinačkog pothvata osmišljenog u Hrvatskoj s ciljem otimanja dijelova druge države. Nakon nepravomoćne presude čelnicima Herceg-Bosne Sud BiH počeo je u svoje optužnice ugrađivati konstrukcije u kojima se spominje udruženi zločinački pothvat. Takvu praksu osudio je bivši hrvatski premijer Zoran Milanović koji je kazao da Hrvatska 20 godina nakon rata neće primati političke optužnice niti po njima postupati, a isto razmišlja i premijer Andrej Plenković koji je prošlog tjedna izjavio da političke formulacije koje se uključuju u pojedine akte pravosudnih tijela BiH i koje sadrže koncept udruženog zločinačkog pothvata u odnosu na Hrvatsku nisu prihvatljive.

Involviranost Hrvatske u sukob u Bosni i Hercegovini presuđena je i u ranijim suđenjima Tihomiru Blaškiću, Mladenu Naletiliću i Dariju Kordiću, ali sama činjenica da je dokazana nazočnost Hrvatske vojske u Bosni i Hercegovini ne znači da je Hrvatska počinila agresiju na BiH. Hrvatska strahuje da bi jednom kada bi takva kvalifikacija bila prihvaćena mogla biti suočena s valom odštetnih zahtjeva žrtava. Presuda bi bila i velika mrlja na povijesnoj ulozi prvog hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana te na temeljima same neovisne Hrvatske.