Kobak je 30. rujna 2005., prvo kao v.d., a onda i kao predsjednik Uprave, na čelu HŽ-a naslijedio Tomislava Josipa Mlinarića, za kojeg izvori unutar HŽ-a kažu da je bio jedan od rijetkih koji je imao viziju razvoja te tvrtke, piše Jutarnji list

Mlinarić se prije dolaska na čelo HŽ-a bavio istraživanjima na Institutu u Grazu, koja su se odnosila na održavanje i modernizaciju željezničke mreže. Kažu da je bio jedan od rijetkih koji je znao sastaviti projekte kojima se konkuriralo za novac iz fondova EU u Bruxellesu. No, nije dočekao kraj mandata, kao ni njegov prethodnik Marijan Drempetić, čija je smjena bila rezultatdolaska HDZ-a na vlast.

Česte smjene na čelu Hrvatskih željeznica jedina su konstanta u toj državnoj tvrtki. Od osamostaljenja Hrvatske na čelu uprave te kompanije prodefiliralo je tuce osoba. Za tvrtku s takvim problemima na njenom su čelu potrebna barem dva četverogodišnja mandata za nekakav rezultat.

Stalna smjena čelnih ljudi, u čemu je veliku ulogu uz politiku imao i sindikat HŽ-a, pogubna je za poslovanje tvrtke važne za svaku državu.

Dolazak Kobaka na čelo HŽ-a bio je rezultat kompromisa politike i sindikata, tvrde izvori u HŽ-u. Bilo je to i izvjesne iznenađenje, jer se Kobak već tada žalio na određene zdravstvene probleme, ali i zbog toga što se uz njegovo ime vezalo podosta netransparentnih poslova. Zanimljivo je da je smjena Tomislava Josipa Mlinarića, nakon kojega na čelo HŽ-a dolazi Kobak, bila obrazložena gotovo istim riječima kojima je sada na tu funkciju postavljen njegov nasljednik Zoran Popovac: HŽ-u treba svježa krv.