Juncker je prvi predsjednik Komisije izabran po novom sustavu, koji predviđa da se kod izbora čelnika izvršnog tijela Europske unije u obzir uzmu i rezultati izbora za Europski parlament. Taj sustav 'spitzenkandidata' predviđa da političke skupine koje se natječu na europskim izborima istaknu svog kandidata za predsjednika Komisije.

Juncker je bio kandidat Europske pučke stranke, koja je osvojila najveći broj zastupničkih mjesta u Europskom parlamentu.

Sam početak Junckerova mandata bio je obilježen aferom Lux-leaks. Riječ je aferi u kojoj je otkriveno da su velike multinacionalne tvrtke godinama sklapale porezne arnanžmane s luksemburškim poreznim vlastima, plaćajući vrlo mali porez u toj zemlji i tako izbjegavajući plaćati poreze na dobit u zemljama u kojima je dobit i ostvarena. Juncker je cijelo to vrijeme bio premijer i ministar financija Luksemburga. Ta afera još nije završena i njezini odjeci i dalje prate Junckera.

Juncker je, nakon što je potvrđen u Europskom parlamentu, svoju Komisiju nazvao 'Komisijom zadnje šanse'. 'Ili ćemo uspjeti približiti Europsku uniju njezinim građanima, drastično smanjiti razinu nezaposlenosti i dati europsku perspektivu mladima ili ćemo propasti', rekao je tada Juncker, koji je od početka naglašavao da ne želi biti na čelu birokratizirane Komisije, nego predsjednik snažnog političkog tijela.

'Ja nisam šef anonimnih birokrata, ja sam šef 27 političara, jer povjerenici nisu birokrati, nego političari', rekao je tada Juncker. On to i pokazuje, izravnim uključivanjem u goruće političke probleme, poput ostanka Grčke u eurozoni ili akutne izbjegličke krize.

U Komisiji ističu da su u prvih godinu dana mandata predstavili investicijski plan u vrijednosti 315 milijardi eura, koji treba potaknuti rast i otvaranje radnih mjesta te da se prvi projekti iz plana već provode. Komisija je također u proteklih godinu dana predstavila prijedloge za utemeljenje energetske unije, jedinstvenog digitalnog tržišta, unije tržišta kapitala te prijedloge za efikasniji i pošteniji sustav oporezivanja poduzeća.

Europska unija i dosadašnja postignuća u europskim integracijama na velikom su testu zbog izbjegličke krize biblijskih razmjera. Na veliki priljev ljudi s Bliskog istoka zemlje članice su različito reagirale - jedni ističu solidarnost i potrebu da se tim izbjeglicama pruži utočište, a drugi u prvi plan ističu sigurnosna pitanja. Uslijed toga ugroženo je i jedno od najvećih dosadašnjih postignuća u povijesti EU-a - schengenski prostor unutar kojega je osigurano slobodno kretanje bez kontrola na unutarnjim granicama.

Komisija ulaže napore kako bi europski odgovor na tu krizu bio u najvećoj mogućoj mjeri usklađen. U sklopu europske agende o migracijama, Komisija je prihvatila dva paketa mjera. Među tim mjerama je i raspodjela 160.000 izbjeglica iz Sirije i Eritreje po državama članicama i izdvajanje 10 milijardi eura za ovu i sljedeću godinu za upravljanje izbjegličkom krizom.