Kako se navodi u obrazloženju, Glavašu je kazna od osam godina zatvora izrečena zbog kaznenog djela ratnog zločina protiv civilnog stanovništva opisana u hrvatskom kaznenom zakonu.

Prizivno je vijeće suda BiH, razmatrajući priziv Glavaševe obrane, djelomice prihvatilo prigovor na dio presude Županijskog suda u Zagrebu o vremenu provedenu u pritvoru koje se računa u kaznu.

Pravomoćnom sudskom odlukom tako je određeno da će se Glavašu u izdržavanje kazne u BiH uračunati vrijeme koje je proveo u pritvoru u Hrvatskoj od 26. listopada do 2. prosinca 2006. te od 18. travnja 2007. do 11. siječnja 2008. godine.

Također će mu se u kaznu uračunati i vrijeme provedeno u pritvoru u Sarajevu 14. i 15. svibnja 2009. te od 20. rujna ove godine kad je pritvoren pošto je prvostupanjsko vijeće suda BiH potvrdilo kaznu hrvatskog pravosuđa.

Sud BiH podsjeća da je zbog Glavaševa bijega u BiH hrvatsko ministarstvo pravosuđa 24. kolovoza ove godine uputilo zamolbu vlastima BiH da preuzmu izvršenje zatvorske kazne u skladu sa sporazumom o pravnoj pomoći u građanskim i kaznenim stvarima između vlasti Hrvatske i BiH.

To je ujedno u BiH prva pravomoćna potvrda neke presude izrečene u Hrvatskoj.

Branimir Glavaš u Hrvatskoj je osuđen jer je od srpnja do kraja prosinca 1991. u Osijeku, obnašajući dužnost tajnika općinskog sekretarijata za narodnu obranu, a djelujući kao stvarni zapovjednik obrane tog grada, postupao protivno odredbama međunarodnog prava.

Kazna mu je izrečena jer je sud utvrdio da je Glavaš, iako je bio dužan, propustio spriječiti mučenje i nečovječno postupanje prema civilnom stanovništvu te što je zapovjedio ubojstva i protuzakonita pritvaranja.