Bez obzira na ishod prosvjeda protiv rezultata predsjedničkih izbora, posljednju riječ u Iranu neće imati ni Ahmadinedžad ni Musavi, nego će najvažnije odluke i dalje donositi vrhovni vjerski vođa - ajatolah Ali Hamnei
Odnos snaga u Iranu dobro je poznat i američkom predsjedniku Baracku Obami, koji je izjavio kako je za SAD na kraju krajeva nevažno tko će biti iranski predsjednik, budući da će on u svakom slučaju biti antiamerički raspoložen. To je u neku ruku istina, no stručnjaci ocjenjuju da se Obama namjerno ne želi pobliže izjasniti o unutarnjim previranjima u Iranu kako bi, ostavljajući dojam neutralnosti, kasnije mogao imati šanse za razgovore sa stvarnim vlastodršcima u toj državi.
U Islamskoj Republici Iranu podjela vlasti nimalo ne sliči na onu u većini drugih država. Ovdje se vjera i politika doslovce isprepliću u svim segmentima. Od islamske revolucije 1979. godine, kada je svrgnut prozapadni šah Reza Pahlavi, šijitski vjerski vođe čvrsto drže vlast u svojim rukama, a u Iranu je 90 posto stanovništva šijitske vjeroispovijesti.
Posljednju riječ u većini najvažnijih pitanja ima 70-godišnji vrhovni vjerski vođa, ajatolah Ali Hamnei. On doživotno obavlja tu funkciju, a čak je i ustavom utvrđeno da je njegova moć odlučivanja jača od zakona. Hamnei je istodobno najviša vjerska, vojna i pravna instanca, on je odredio pravac iranske atomske politike koja uporno prkosi međunarodnoj zajednici, a također se pobrinuo i za jačanje odnosa s radikalnim organizacijama poput palestinskog Hamasa i libanonskog Hezbolaha, izvještava njemački Deutsche Welle
Pored ajatolaha veliku moć ima i Vijeće čuvara revolucije, koje se sastoji od 12 pravnika: šest imenuje ajatolah, a šest vrhovno iransko pravosudno tijelo (koje pak opet imenuje - ajatolah). Riječ je o tijelu koje ispituje usklađenost novih zakona s islamskim pravom, a ono također određuje tko se smije kandidirati na parlamentarnim izborima. Važne ovlasti ima i Stručno vijeće u kojem sjedi 86 šijitskih duhovnih vođa, izabranih na neposrednim izborima. Ono, među ostalim, određuje kandidate za predsjedničke izbore. Na čelu mu je trenutačno bivši iranski predsjednik Ali Rafsandžani, kojeg se smatra pragmatičnim političarom. Neposredno se bira i parlament, no njegova je moć u Iranu ograničena.
Ajatolah Ali Hamnei je podržao Mahmuda Ahmadinedžada i kada je prvi put izabran za predsjednika 2005. godine. U razdoblju koje je prethodilo tim predsjedničkim izborima u Iranu su zabilježeni prvi reformski pokušaji, no Hamnei ih je sasjekao takoreći u korijenu, radikalnim mjerama poput zabrane liberalnih medija i onemogućavanja kandidature reformskih političara na parlamentarnim izborima 2004. godine.
Položaj predsjednika države ojačan je 1989. godine ukidanjem funkcije predsjednika vlade, tako da je predsjednik taj koji predlaže ministre. Dakle, predsjednik ima i reprezentativnu funkciju i upravlja izvršnom vlasti, no zadnju riječ u najvažnijim pitanjima i dalje ima - ajatolah Hamnei.