Bouterse je osuđen zbog egzekucije 15 političkih protivnika u prosincu 1982. godine, nakon što je u toj nekadašnjoj nizozemskoj koloniji dvije godine ranije izvršio državni udar potpomognut vojskom koju je počeo graditi desetljeće ranije. Vojni sud još nije naložio njegovo uhićenje, a oporbene stranke pozvale su Boutersea, koji se trenutno nalazi u službenom posjetu Kini, na podnošenje ostavke.

Vojni sud presudio je da je nadgledao operaciju u kojoj su vojnici pod njegovim zapovjedništvom oteli 16 glavnih kritičara vlasti, među kojima su bili sveučilišni profesori, novinari i odvjetnici. Od ukupno 16 otetih, njih 15 ubijeno je u tvrđavi Fort Zeelandia u glavnom gradu Paramaribu.

Režim je tvrdio kako su uhićeni ubijeni tijekom pokušaja bijega iz tvrđave, dok se Bouterse pravdao time da uopće nije bio nazočan njihovim ubojstvima. Za ubojstva viđenijih Surinamaca okrivio je jednog od zapovjednika koji je u međuvremenu umro. Na sudu ga je najviše teretio nekadašnji vojnik Ruben Rozendaal posvjedočivši da je upravo predsjednik vlastoručno ubio dvojicu zatočenika, sindikalnog vođu Cyrilla Daala i bivšeg zapovjednika surinamske vojske Soerindrea Rambocu.

Potpredsjednik Bouterseove Nacionalne demokratske stranke Ramon Abrams izjavio je da će predsjednik pri povratku iz Kine otkazati posjet Kubi te da će se vratiti u Surinam najkasnije u ponedjeljak.

Bouterse je optuživan i za masakre tijekom građanskog rata u Surinamu 1986., a s vlasti silazi godinu kasnije.

Početkom 2000-ih u odsutnosti je osuđen u Nizozemskoj zbog optužbi za šverc 474 kilograma kokaina, a tu je kriminalnu djelatnost nastavio i nakon presude jer ga je štitio predsjednički imunitet. Budući da je osuđen prije 2010. godine, kad je ponovno izabran za predsjednika Surinama, nije uživao međunarodni imunitet te ga je Europol stavio na popis traženih kriminalaca.

Negirao je i optužbe za krijumčarenje droge, tvrdeći kako je nizozemska vlada podmitila ključnog svjedoka u tom procesu.

Bez obzira na optužbe i presude, Bouterse je pobijedio i na izborima 2015. godine osiguravši i treći petogodišnji predsjednički mandat.