Zakon o državnoj potpori poljoprivredi i ruralnom razvoju predviđa, primjenu tzv. modulacija kojima se poljoprivrednicima s poticajima većim od 100.000 kuna oni umanjuju za osam, a onima s više od 2,16 milijuna kuna i 12% te vraćaju u sustav i preraspodjeljuju na male s poticajima ispod 100.000 kuna. No iako ni veliki vjerojatno još nisu dobili puni iznos za 2012. – u slučaju da su isti kao i godinu prije – samo bi Agrokor dobio 18 milijuna kuna više, Žito oko 6 milijuna, Stipo Matić i Enver Moralić sa svojim tvrtkama oko 3 milijuna kuna.

Modulacijama je tako, kako doznaje Večernji list, u 2009. bio obuhvaćen 5171 poljoprivrednik, na kojemu je 'ušteđen' 101 milijun kuna, a od njih 3630 u 2011. oko 70,6 mil. kuna.

Večernji je u posjedu internog dopisa ministra Jakovine unutar vlastitog ministarstva iz 2013. u kojem tvrdi da se modulacija za 2012. uopće neće obračunavati, dok se modulacija za proizvodnu 2011. treba obračunavati tek od ožujka ove godine, nakon prve veće doznake sredstava iz državnog proračuna. U odgovoru iz Ministarstva poljoprivrede tvrdi se kako tu nije riječ ni o kakvom 'nalogu' ili 'receptu' ministra Tihomira Jakovine ili pogodovanju velikim poljoprivrednim sustavima, već poštovanju zakonske odredbe iz Zakona o potpori poljoprivredi i ruralnom razvoju iz prošle godine, a uvrštena je “zbog nepoštovanja rokova za modulaciju u vrijeme bivše vlade i ministra Petra Čobankovića, koji nisu na vrijeme proveli modulaciju za 2009. te su pomaknuti rokovi i za iduće godine. Isto je, tvrdi se, zaključila i Državna revizija pa, kako bi se izbjegle tužbe zbog nezakonitog obračuna dviju modulacija u 2013., modulacija se za 2012. uopće neće obračunavati, a od proizvodne 2013. se, s obzirom na ulazak RH u EU, uopće neće primjenjivati.

Jakovinin prethodnik Petar Čobanković kazao je kako se modulacija uvijek obračunavala godinu poslije i tu nema ničeg spornoga, ali ima u činjenici da je Jakovina taj koji je u prošloj godini preskočio 2011.