De Dominis je u Družbu Isusovu stupio 1579. U Padovi studira teologiju od 1587. do 1591. U Bresci od 1592. predaje filozofiju. Istupa iz Družbe Isusove 1596. Senjski biskup postaje 1597, a splitski nadbiskup postaje 1602. godine.

U sukobu Rima i Mletaka, kad je papa Pavao V bacio kletvu, interdikt na Mletačku republiku, De Dominis staje 1606. na stranu Republike osporivši Papi pravo miješati se u poslove svjetovne vlasti. U Mletcima 1611. De Dominis objavljuje svoje prvine, djelo iz područja fizike o teoriji leća i o dugi ‘De radiis visus et lucis in vitris perspectivis et iride’.

Saznavši 1612. da De Dominis navodno sprema djelo protiv Pape i crkvene politike, Rimski dvor preporučuje De Dominisu da napusti pisanje. Te preporuke on nije prihvatio. No prihvatio je 1615. preporuku Rima da se zahvali na nadbiskupskoj stolici u Splitu. Iz Mletaka 1616. odlazi u Englesku. U Heidelbergu iste 1616, gdje se na putu zadržao, tiska svoj proglas o razlozima svojega odlaska pod naslovom ‘Marcus Antonius de Dominis Archiepiscopus Spalatensis suae profectiones consilium exponit’, gdje kaže da je njegov odlazak daleko od svake primisli o crkvenom raskolu.

Djelce, prevedeno na nekoliko jezika, kružilo je Europom. U njemu iznosi De Dominis svoj kredo: ‘Gajio sam od prvih godina svojega klerikata u sebi gotovo urođenu želju da vidim jedinstvo svih Kristovih crkava; nisam mogao ravnodušno podnositi razdijeljenost Zapada od Istoka u stvarima vjere i Juga od Sjevera; sa zabrinutošću sam žudio upoznati uzroke tih i tolikih raskola i razmotriti bi li se mogao smisliti kakav put kako bi se sve Kristove Crkve udružile u istinsko negdašnje jedinstvo; gorio sam od želje da to vidim.'

De Dominis je na svim svojim vijugavim putovima od Rima, Senja, Splita, Mletaka, Londona do Rima ostao vjeran svojem mladenačkom kredu. U njemu je rekao da ‘izgara’, kao da je slutio da će na kraju puta kao starac-mrtvac doslovce izgorjeti. Dominis dolazi u London 16. prosinca 1616. svečano dočekan. Izbor je De Dominisov pao na Anglikansku crkvu kao najsrodniju katoličkoj. A u kralju Jamesu I prepoznaje vladara za svoju namisao, snošljiva i crkvena.

Već 1617. u Londonu tiska kapitalno djelo ‘De Republica ecclesiastica libri X’, prve četiri knjige. De Dominis, katolički biskup, - on se stalno tako potpisuje ‘Archiepiscopus Spalatensis - splitski nadbiskup’ - koji je došao u anglikansku, protestantsku zemlju predstavlja slučaj, o kojem se po Europi piše. Petu i šestu knjigu djela ‘De Republica ecclesiastica’ izdao je u Frankfurtu na Maini 1620, a sedmu i devetu u Hanau 1622, dok osma i deseta knjiga nisu izdane. Marko Antun de Dominis tu nastupa kao teolog pomirenja i sjedinjenja crkava. Razlog je neslaganja među kršćanskim vjerama neslaganje u raznim istinama vjere.

Rješenje teškoća De Dominis vidi u prihvaćanju osnovnih članaka vjere. U drugome se kršćanske vjeroispovijesti mogu razilaziti. Mjerilo onoga, drži De Dominis, što se ubraja u osnovne članke vjere jest vjera pracrkve, vidljiva u simbolima vjere (Vjerovanjima) i prvim koncilima Crkve. Koja je po De Dominisu, međutim, glavna teškoća kad je riječ o jedinstvu odnosno nejedinstvu crkava? To je, smatra De Dominis, papino prvenstvo, primat rimskog biskupa. Za njezino prevladavanje predlaže rješenje. Nasuprot monarhijskom papinstvu predlaže aristokratski kolegij biskupa koji in solidum, to jest zajedno i pojedinačno vodi Crkvu.

Ključ za ostvarenje sna mladosti, za postizanje, naime, jedinstva crkava, bio bi po njemu kolegijalno - zborno biskupsko ustrojstvo crkvene hijerarhije, namjesto monarhijskog ustrojstva. Bez papinog prvenstva, primata. Kao što vjernici raspršeni po svijetu tvore jednu crkvu, tako biskupi, raspršeni po svijetu tvore jednog biskupa - biskupski kolegij, zbor biskupa. Jedinstvom i jednošću biskupskog kolegija, zbora po de Dominisu, opstaje jedinstvo i jednost Crkve i premošćuje se raskol u Crkvi.

Kad je 1621. kardinal Alessandro Ludovisi, nekoć De Dominisov učitelj i prijatelj, izabran za papu, uzevši si ime Grgur XV, de Dominis pomišlja na povratak u Rim. Početkom sljedeće 1622. godine obraća se pismom kralju Jamesu I da mu dopusti otići iz Engleske u Rim, kamo je pozvan od samoga Pape. De Dominis pokušava kralja skloniti na sjedinjenje s Katoličkom crkvom. Kao odgovor, kralj ga izgoni za vazda iz Engleske. De Dominis se vraća u Rim kao pokajnik i dobiva od Pape oproštenje, biva uspostavljen u sve časti i pripadne prihode.

No početkom ljeta umire Grgur XV. Njegov je nasljednik, mladi papa Urban VIII. De Dominis objavljuje 1624. svoje posljednje djelo, kao i prvo - iz fizike: ‘Euripus’, gdje se bavi pitanjem plime i oseke. De Dominis 1624. započinje djelo ‘Preispitivanja - Retractationes’, posvećeno Urbanu VIII gdje ponovno raspravlja o sadržaju djela ‘De Republica ecclesiastica’ i ispravlja zablude.

Inkvizicija, međutim, vodi istragu protiv De Dominisa. Zatočen u Anđeoskoj tvrđavi, De Dominis umire 8. rujna 1624. Inkvizicija ipak ne obustavlja, nego nastavlja proces protiv njega. Proglašava ga krivim i 21. prosinca 1624. De Dominisovo mrtvo tijelo, slika i knjige spaljeni su na okupljalištu Rimljana Campo dei fiori, a pepeo je bačen u obližnji Tiber.

Zaslugom zanosnoga prof. dr. Antuna Maletića i učenog akademika Darka Novakovića s vrijednim suradnicima Petrom Šoštarićem, Tomislavom Jazvićem i Voljenom Marić, izašlo je 2009. kod nakladnika Lamaro u Splitu prvo izdanje De Dominisovoga djela ‘Preispitivanja – Retractationes’ kao završni svezak ponovljenog izdanja De Dominisovog životnog djela ‘De Republica ecclesiastica’ pod naslovom ‘Retractationum M. Antonii de Dominis archiepiscopi Spalatensis Libri X in totidem ipsius De republica ecclesiastica libros’, Spalati MMIX. Samo s djelom ‘Preispitivanja - Retractationes ’ koje predstavlja posljednji De Dominisov stav prema djelu ‘De Republica ecclesiastica’, djelo ‘De Republica ecclesiastica’ cjelovito je i tvori cjelovitu De Dominisovu misao.

Sudionici ovoga znanstvenog skupa se slažu da je Marko Antun de Dominis, Rabljanin, nadbiskup Splitski, primasa Dalmacije i Hrvatske, fizičar i teolog pomirenja s kršćanskim Zapadom i kršćanskim Istokom, preteča ekumenizma i II. vatikanskoga koncila zaslužio rehabilitaciju. Djela su mu u Hrvatskoj objavljena, ali ljaga s njega nije skinuta.