HDZ koji danas inzistira na istražnom povjerenstvu za aferu nadzor kad je bio na vlasti nije htio ni čuti za osnivanje povjerenstva za puno gore slučajeve u koje su bile umiješane tajne službe i paraobavještajna zajednica. Ili kako je to znao reći tadašnji HDZ-ov mag Vladimir Šeks: 'Bit će osnovana na sveto nigdarjevo!' Pod tim motom istražna povjerenstva tako nisu osnovana: u slučaju Helene Puljiz, novinarke koja je podvrgnuta petosatnom ispitivanju i maltretiranju agenata POA-e (nakon javnog pritiska, šef POA-e je smijenjen, ali slučaj nikada nije zaključen); navodima bivšeg državnog odvjetnika Radovana Ortynskog o sprezi politike i organiziranog kriminala
Nisu htjeli ni istražno povjerenstvo o imovini Ive Sanadera i Miomira Žužula. Naime, kada je Vesna Pusić, tada oporbena zastupnica, 2004. postavila pitanje zašto se – uz Čačićevu – ne istrazi i imovina Miomira Žužula i Ive Sanadera, HDZ-ov- zastupnik kratko joj je odgovorio da za to nije bilo dovoljno glasova u Saboru.
U teoriji, saborska istražna povjerenstva imaju moćnu ulogu: zakon propisuje da se mogu osnovati za svako pitanje od javnog interesa, posebno onih koje se tiču temeljnih vrijednosti Ustava, poput sloboda i prava čovjeka, zakonitosti rada državnih tijela, javnih službi i pravnih osoba te pitanja javnog morala. U praksi sudski epilog, u vrijeme vladavine HDZ-a, gotovo je u pravilu završio presudom drukčijom od zaključaka njihovih istražih povjerenstava.
Naime, u 16 godina od donošenja Zakona, istražna povjerenstva nisu gotovo nikada ostvarila cilj koji im nalaze: 'utvrđivanje pravog stanja, svih odlučnih i drugih činjenica, važnih za utvrđivanje istine'. Upravo suprotno, rad istražnih povjerenstava najčešće je ocjenjivan kao 'politički igrokaz'.
Čak i kada bi povjerenstva utvrdila nepravilnosti – kao u slučaju prodaje Večernjeg lista ili državnih jamstava za Lenac – nikakve sankcije nisu preporučene, niti su uslijedile.
Neki od zaključaka povjerenstava u konačnici su bili potpuno suprotni od pravosudnog epiloga: 2006., istražno povjerenstvo, predvođeno HDZ-om, zaključilo je da je Radimir Čačić, kao ministar, zloupotrijebio ovlasti pogodujući svojim tvrtkama – posljedična istraga DORH-a odbacit ce tu tvrdnju. U istrazi afere Kamioni, povjerenstvo zaključuje 11. svibnja 2009. da bivši ministar Berislav Rončević nije učinio ništa loše. Samo pet mjeseci kasnije, USKOK podiže optužnicu protiv Rončevića; 2010. osuđen je na četiri godine zatvora.
U samim ispitivanjima, svjedoci nikada nisu bili istinski 'rešetani', a članovi povjerenstva često nisu proučili sve dokumente ili su pokazali osnovno neznanje.
HDZ-ovac Boris Kunst tako je u istrazi oko prodaje INA-e MOL-u izražavao čuđenje zašto se 25 posto plus jedna dionica ne definira jednostavno kao 26 posto dionica. Ivo Sanader, koji je u istom slučaju svjedočio samo dva mjeseca prije nego što je uhićen, ušao je u sobu istražnog povjerenstva pomalo nesiguran. Već 15-ak minuta kasnije, potpuno je ovladao povjerenstvom. Članovi povjerenstva – uključujući one opozicijske – postavljali su mu dobrodušna i benigna pitanja, uvažavajući svaku tvrdnju koju je on izrekao. Stoga ne čudi činjenica da je zaključak donesen glasovima većine članova povjerenstva (HDZ i HSS) pa ni izdvojeno mišljenje oporbenih članova, nemaju puno veze s kasnijom optužnicom USKOK-a protiv Sanadera u slučaju INA - MOL.
Važniji predmeti istražnih povjerenstava:
- nestanak pšenice s Robnih zaliha (1996): Vladimir Šeks inicirao je istragu nestanka velikih količina državne pšenice pohranjene u silosima. Utvrđen je niz nepravilnosti. Rezultat: ostavka šefa Robnih zaliha, promjena propisa o robnim rezervama. 2002. ponovo se postavlja pitanje nestanka nekoliko tona državne pšenice, ali povjerenstvo nije osnovano.
- prodaja Večernjeg lista (2000): Povjerenstvo istražuje okolnosti prodaje Večernjeg lista. Nakon tri i pol mjeseca zaključuje da postoje 'ozbiljne indicije' da je u postupku prodaje važnu ulogu igrala politika i visoki državni dužnosnici te nalazi 'više nepravilnosti' u prodaji. Zaključuje ipak da neće predložiti podizanje kaznenih prijava niti poništenje privatizacije nego ce svoj nalaz dati Državnom odvjetništvu i MUP-u. Kasnije, transkripti s Pantovčaka, citiraju Ivića Pašalića koji tvrdi da je prodaja izvršena u 'stilu vojne operacije' i da su novine kupljene za HDZ. Nije bilo sudskog postupka. Kasnije je zatraženo i istražno povjerenstvo oko objave Tuđmanovih transkripata, no taj je zahtjev odbijen.
- propast brodogradilišta Viktor Lenac (2005): istražno povjerenstvo osnovano na zahtjev HDZ-a, zaključuje da je nekada uspješno brodogradilište Viktor Lenac propalo zbog pogrešnih procjena vlastitih menadžera (Damira Vrhovnika bliskog SDP-u) i politike (u mandatu premijera Ivice Račana). Istraga je razotkrila model pretvorbe 90-ih, no nije uspjela dokazati da je Račan pogodovao prijatelju Vrhovniku dajući Lencu velikodušna državna jamstva. Vrhovnik je u međuvremenu izgradio luksuznu vilu koju je prošle godine dao na prodaju za 3,5 milijuna kuna.
- 'ministrovanje' Radimira Čačića (2006): Također na zahtjev HDZ-a, saborsko povjerenstvo istražuje je li Čačić, dok je bio ministar u koalicijskoj Vladi, pogodovao vlastitim tvrtkama. Zaključak povjerenstva – da jest – usvojen je u Saboru, tada pod većinskom kontrolom HDZ-a. Nakon četiri godina istrage, DORH odbacuje sumnje u Čačića zbog nedostatka dokaza.
- afera kamioni (2006): nakon optužbe bivšeg predsjednika Stipe Mesića i brojnih novinskih izvješća, osnovano je saborsko povjerenstvo da provjeri navode da je bivši ministar obrane Berislav Rončević zloupotrijebio ovlasti kupivši lošije, a skuplje vojne kamione. Šef povjerenstva, Andrija Hebrang tada je izjavio kako daje 'ruku u vatru' da je Rončević nevin; zaključak povjerenstva je istovjetan. Pet mjeseci kasnije, USKOK optužuje Rončevića i njegova suradnika Ivu Bačića. Presudom iz 2010. Rončević je osuđen na četiri, a Bačić na dvije godine zatvora te povrat 10,2 milijuna kuna. Dvojac se žalio Vrhovnom sudu, koji do kraja godine treba donijeti pravorijek.
- INA - MOL (2010): nakon šest mjeseci rada i ispitivanja brojnih svjedoka, uključujući i bivšeg premijera Ivu Sanadera, povjerenstvo osnovano radi istrage prodaje INA-e MOL-u, ne uspijeva se dogovoriti oko zaključka. Donesena su dva zaključka, temeljena na političkoj pripadnosti članova povjerenstva. Zaključak HDZ-ovih i HSS-ovih članova optužuje Račanovu vlast za sklapanje štetnog ugovora 2003. Novi ugovor iz 2009., tvrde, nije bio štetan. Tada oporbeni zastupnici, u izdvojenom mišljenju, tvrde da su MOL-u dana veća prava u kasnijim ugovorima, sklopljenim za vrijeme vlasti HDZ-a. Ekonomski stručnjaci kritiziraju 'neznanje i neinformiranost' članova povjerenstva. Godinu dana kasnije, Državno odvjetništvo dize optužnicu protiv Sanadera, sumnjičeći ga da je ugovorom iz 2009. MOL-u predao veća upravljačka prava u zamjenu za 10 milijuna eura nagrade.