U akciji koja je trebala biti rutinska intervencija gašenja požara šestero vatrogasaca poginulo je na mjestu događaja, a ostalih šestero preminulo je od posljedica teških opeklina u bolnicama. Kornatsku tragediju preživio je jedino Frane Lučić, pripadnik DVD-a iz Tisnog na otoku Murteru, koji se uspio oporaviti od teških ozljeda i opeklina. 

Roditelji poginulih vatrogasaca iz Šibenika, Vodica i Tisnog još uvijek traže istinu o smrti svojih sinova. Kao i velik dio hrvatske javnosti, ne prihvaćaju službeno objašnjenje prema kojemu je uzrok stradanja tzv. eruptivni požar, rijedak prirodni fenomen poznat kao izgaranje nehomogene plinske smjese. 

Kornatska tragedija do daljnjeg ostaje najveći misterij u modernoj Hrvatskoj, a sve dok se ne objelodani što se tog kobnog dana uistinu dogodilo na Kornatu, cirkulirat će tri različite teorije o uzroku tragedije: uz eruptivni požar, to su curenje goriva iz helikoptera i zapaljenje eksplozivnog punjenja NATO-ve bombe.

Ivan Marinović, otac stradalog vatrogasca Ivana, ispričao je za Slobodnu Dalmaciju da su mrtvi vatrogasci prvo prebačeni u Zemunik, a kada je uočeno da jedan nedostaje, svi su vraćeni natrag; da su im tijela isprali u Zemuniku, o čemu im je govorio čovjek koji je navodno sudjelovao u tome, ali to nije htio ponoviti na sudu; da je pozvanoj vojsci zabranjena potraga za stradalima; da je policija čistila mjesto nesreće; da je bio angažiran četvrti helikopter koji se krije cijelo vrijeme itd.

Alpinist Stipe Božić, koji je s kolegama helikopterom prvi došao na mjesto nesreće, svjedočio je da su po dolasku shvatili da je na helikopteru neispravna dizalica. 'Da je tzv. vitlo dizalice bilo ispravno, cijelu bismo skupinu podignuli na helikopter za 10-ak minuta i svi vatrogasci bi vrlo brzo bili u bolnici u obradi... Morali smo jednog po jednog vatrogasca dizati na helikopter pričvršćenim užetom. Zbog toga je sve trajalo puno dulje, a ozlijeđeni su prevoženi u četiri navrata', istaknuo je Božić.

Božićev kolega iz HGSS-a Srđan Vrsalović dodao je da se tijekom prevoženja prve skupine ozlijeđenih gotovo dogodila nesreća, zbog čega su morali hitno sletjeti i spustiti ljude dalje od uvale u kojoj ih je čekao brod. Svjedočio je da su ozlijeđene nosili i na rukama, a druga skupina vatrogasaca je na prijevoz čekala 45 minuta.

Za izazivanje požara bio je optužen sezonski recepcionar Nacionalnog parka Kornati Paško Petrina, kojeg se teretilo da je odbacio neugašeni opušak u suhu travu i raslinje u uvali Vrulja, svjestan da može doći do požara i ugrožavanja imovine i ljudi. Petrina je oslobođen optužbe 2012. godine.

Nakon nesreće tadašnji glavni vatrogasni zapovjednik RH Mladen Jurin podnio je ostavku, a županijski vatrogasni zapovjednik Dražen Slavica priveden je istražnom sucu i zadržan u pritvoru. Danas je Slavica jedini optuženik za kornatsku tragediju. U rujnu 2016. njemu je u Zadru počelo novo suđenje zbog odgovornosti za pogibelj vatrogasaca i propuste, a on je ponovio da se ne osjeća krivim. 

Prethodni sudski postupak, tijekom kojeg su saslušana 164 svjedoka i vještaka, rezultirao je oslobađajućom presudom, koju je Vrhovni sud srušio zbog proceduralnih pogrešaka. Na optuženičku klupu Slavica je prvi put sjeo 2010. godine, a tužiteljstvo ga je teretilo za kazneno djelo protiv opće sigurnosti jer je na Kornat poslao dvojicu maloljetnika, civilnog ročnika te vatrogasce koji nisu završili obuku helikopterskog desantiranja. Na teret mu se stavljalo i kašnjenje s akcijom spašavanja unesrećenih.

Frane Lučić, koji je u ožujku 2017. prvi put nakon tragedije stupio na otok Kornat zbog rekonstrukcije događaja u okviru novog suđenja, smatra da MORH skriva pravi uzrok nesreće i da je smrt njegovih kolega izazvala eksplozija NATO-ve bombe CBU-87, odbačene nakon napada na Srbiju 1999. godine. Lučić je svojedobno za HTV izjavio da jedan vojnik koji je opečen tom bombom ima identične opekline kao i stradali vatrogasci, a sumnjivo mu je to što su se na Kornatima nakon nesreće pojavili specijalci, koji su možda imali saznanja o odbačenim bombama.

Istu tezu ranije je iznio umirovljeni časnik HV-a Nediljko Pušić. Temeljem dokumentacije teške 18 kilograma, koju je prikupio u višemjesečnoj vlastitoj istrazi, Pušić je 2009. za Slobodnu Dalmaciju ustvrdio da su poginuli vatrogasci zapravo žrtve detoniranog rasutog eksplozivnog punjenja, po svoj prilici bombe CBU-87. Kao ključni dokaz poslužila mu je satelitska snimka na dan tragedije, na kojoj se iznad Kornata vidi oblak pyrocumulus dimenzija najmanje četiri puta pet kilometara i visine minimalno osam kilometara. Točno tako naime izgledao je pyrocumulus od eksplozije CBU-87 sa slike koju je dobio iz Afganistana. 

Igor Marinović također je prikupio opsežnu dokumentaciju i uvjeren je da su vatrogasci stradali od kerozina koji je iscurio iz helikoptera 202 s probušenim rezervoarom. Ispuštena količina je 400 do 500 litara kerozina, tvrdi Marinović ovih dana, argumentirajući tezu time što je helikopter došao na spašavanje te nakon sat i petnaest minuta ostao bez goriva.

'Tražio je pomoć drugog helikoptera na kontroli leta, što je sve zapisano. Meni je upravo to dokaz', kazao je Marinović. Dodao je i kako za sve to postoje dokazi u knjižici helikoptera 202 te kako je taj helikopter prema dnevniku letenja vraćen u bazu. 'Onda ostaje pitanje kojim su helikopterom obavljena spašavanja', rekao je Marinović u emisiji 'Hrvatska uživo' HTV-a.

Šibenski Novi tjednik izvijestio je još 2007. da je prema preslikama knjižice helikoptera tipa MI8 MTV1, evidencijskog broja H-202, koji je prevezao vatrogasce, ta letjelica od svibnja do kraja kolovoza bila pregledana i servisirana 25 puta, od kojih je čak 13 puta proglašena neispravnom. Evidentiran je prodor goriva u sustav ulja za podmazivanje turbine, a sedam dana prije tragedije helikopter je prizemljen jer je uočen vatreni jezičac od pola metra kako šiklja iz desnog motora. 

Komentirajući suđenje Draženu Slavici, predsjednik DVD-a Vodice Ante Sladoljev kaže da postoji cijeli niz osoba u sustavu koje su napravile propuste. 'Ne radi se tu o gospodinu Slavici, nego o mnogo većem broju ljudi... Nikada nećemo prestati tražiti istinu', rekao je Sladoljev.

Joško Vidas iz DVD-a Rab, sudionik ovogodišnje humanitarne akcije 'Srce kornatsko' za pomoć djeci oboljeloj od malignih bolesti, održane u nedjelju u Vodicama, izjavio je da je dolazak u Vodice tim povodom najmanje što jedan vatrogasac, posebno dobrovoljac, može učiniti za kolege koji su nesretno izgubili svoj život. 'Nažalost, istinu o toj tragediji vjerojatno nikada nećemo saznati', rekao je Vidas.