Osuđen je da je u rujnu 1991. godine u Perušiću kraj Benkovca, kao pripadnik milicije tzv. Republike srpske krajine sudjelovao u prijetnjama i fizičkom zlostavljanju mještana hrvatske nacionalnosti. Tako je Duju Pešuta, kojeg su zajedno s Grgom Pešutom vodili u 'Stanicu milicije Benkovac' zbog sumnje da surađuju s HV, bez povoda tukao nogama i kundakom puške, a potom ga ugrizao za vrat uz riječi kako će mu se napit ustaške krvi. Nakon toga je Duji Pešutu vojničkim bajonetom zarezao vrat i pio mu krv te ga nastavio tući kundakom po glavi. Kada mu je Grgo Pešut prigovorio kako će 'ubiti pravednog čovjeka', Munjes mu je odgovorio kako se 'ustaše i zmije mogu samo tako uništiti'.

Na prvom suđenju dok je bio u bijegu Munjes je osuđen na zadarskom sudu na 9 godina zatvora. Uhićen je 2010. godine u Crnoj Gori te je izručen Hrvatskoj nakon čega je tražio obnovu kaznenog postupka. U međuvremenu je zatražena delegacija sa zadarskog suda jer je Županijski sud u Splitu postao regionalni sud za ratne zločine.

Na splitskom sudu protiv Munjesa su svjedočili Duje Pešut i njegov brat Ante Pešut. Sudsko vijeće za ratne zločine ocijenilo je kao je dokazana krivnja Nikole Munjesa, ali je stavilo van snage dio presude o sankciji od 9 godina i dosudilo novu, nižu kaznu. Na prvom suđenju saslušani su samo braća Pešut, a kako se sudilo u odsutnosti Munjes nije dao svoju obranu.

Na ponovljenom suđenju u Splitu osim što je optuženi iznio svoju obranu, saslušano je još nekoliko svjedoka tako da je proveden cjeloviti dokazni postupak. Na temelju svih dokaza prikupljenih na taj način sudsko vijeće je ocijenilo kao je primjerena kazna 5 godina zatvora. Optuženi Munjes je u pritvoru od uhićenja, a nakon objave presude u studenom prošle godine mu je produljen pritvor. Vrhovni sud u cijelosti je potvrdio presudu splitskog sudskog vijeća kojim je presjedao sudac Bruno Klein, piše Slobodna Dalmacija