Vatikansku banku osnovao je 1941. papa Pio XII. da vodi račune crkvenih redova, kardinala, biskupa i svećenika, a službeno joj je ime Institut za vjerske poslove.

Problem financijske transparentnosti postao je očit još 1982. kada je Roberto Calvi, zvan 'Božjim bankarom', pronađen obješen pod mostom Blackfriars u Londonu.
Kao prvi znak otvorenijeg poslovanja banka je 2011. službeno objavila da ima 20.772 klijenta, od kojih 68 posto dolazi iz crkvenih redova, te da raspolaže imovinom od 8,2 milijarde dolara.

Zatim je 2012. papa Benedikt XVI. imenovao Ernsta von Freyberga na čelo vatikanskih financija nakon što je s te pozicije smijenjen talijanski bankar Ettore Gotti Tedeschi zbog istraga o pranju novca. Ernst von Freyberg ima bogato iskustvo u međunarodnim financijama te je član nekoliko nadzornih i savjetodavnih odbora u velikim kompanijama.

U siječnju je Talijanska središnja banka ukinula sva plaćanja karticama u Vatikanu zato što nije uspjela provesti zakon o sprečavanju pranja novca. Sveta Stolica imala je obvezu uvesti sigurnosne mjere u svoje vođenje financija u skladu sa standardima Europske unije do 2013.
U provedenoj istrazi Središnja banka je otkrila da talijanski ogranak Deutsche Bank AG-a koji vodi financijsko elektronsko poslovanje od 1997. u papinskoj državi nema dozvolu za rad u Vatikanu.