Oporbenjaci su podsjetili na niz javnih skandala vezanih uz sustav visokog obrazovanja, od afere Indeks do preskakanja stručnih i znanstvenih zvanja te ocijenili da predloženi zakon ne jamči da će u Agenciji za znanost sjediti i 'igrači prve lige'.

Miljenko Dorić (HNS) ustvrdio je da je sadašnji sustav financiranja znanstvenih projekata bez ikakva reda te da se pri dodjeljivanju novca ne vodi računa o rezultatima voditelja projekata u ranijim projektnim razdobljima.

'Ako poznajete nekog iz ocjenjivačke skupine dobit ćete višu, a ako ne intervenirate, nižu ocjenu', ustvrdio je Dorić.

Tu je tvrdnju odbacio ministar Dragan Primorac, ocijenivši kako je 'neprihvatljivo da se Dorić javno buni jer mu projekt nije prošao'.

Naglasio je da svaki projekt podliježe međunarodnoj recenziji, te da je 'trebalo puno hrabrosti da se uvedu pravila koja će možda sniziti prolaznost projekata'.
Primorac se pohvalio i izvješćem iz Bruxellesa, po kojem je, tvrdi, Hrvatska među vodećim zemljama u tranziciji.

Naveo je i da su hrvatski znanstvenici u okviru sedmog okvirnog programa EU povukli 16 milijuna kuna, što je, kaže, apsolutni rekord.

I Goran Marić (HDZ) uvjeren je da će predloženi zakon 'pridonijeti da se nikad više ne dogodi sramota poput one pod kodnim imenom Indeks', ali i 'spriječiti blage naznake komercijalizacije znanosti'.

Gordan Maras (SDP) upozorio je, pak, na slabu fleksibilnost sustava visoke znanosti kad je riječ o potrebama gospodarstva.