Bivši slovenski premijer Janez Janša našao se, prema pisanju slovenske Mladine, na popisu pet osoba protiv kojih je podignuta optužnica zbog sudjelovanja u aferi Patria. Janšu se navodno tereti za zloporabu ovlasti i primanje milijunske provizije
Na optužnici su se, osim imena Janeza Janše, našli i Jože Zagožen, Walter Wolf, Ivan Črnkovič i Anton Krkovič
Janšu, prema ranijem pisanju Mladine, kompromitiraju podaci nađeni na računalu jednog od njegovih nekadašnjih suradnika. Oni, navodno, svjedoče o tome da je Janša kao predsjednik vlade u vrijeme vođenja pregovora s Patriom kod koje je slovenska vojska naručila oklopna vozila u vrijednosti 278 milijuna eura, znao za dogovor da se dio provizije upotrijebi za financiranje dvaju besplatnih tjednika kojima se pred parlamentarne izbore 2008. promovirala njegova Slovenska demokratska stranka.
Kompromitirajući bi mogao biti i iskaz Patrijinog predstavnika za Sloveniju Reia Niittynena koji je opisao što se dogodilo na sastanku 1. rujna 2005. na kojem su osim njega bili prisutni njegov austrijski savjetnik Hans Wolfgang Riedl, tadašnji šef Holdinga slovenskih hidroelektrana Jože Zgožen, časnik slovenske vojske predstavnik načelnika general-štaba Slovenske vojske Tone Krkovič i Ivan Črnkovič, predstavnik tvrtke Rotis s kojom je Patria trebala surađivati.
Kako je opisao Niittynen, njemu i njegovo austrijskom kolegi Krkovič i Črnkovič savjetovali su da Patria za industrijskog partnera u Sloveniji izabere tvrtku Rotis, ili će, kako su sugerirali, natječaj za nabavu vozila biti napisan tako da bude više prilagođen konkurenciji. Iako je sastanak prošao odlično, Niittynen nije bio miran nego je još u autu Riedla upitao: 'Je li normalno da plaćamo mito stranki Janeza Janše?'
Niittynen je od početka, kako je priznao u razgovoru s istražiteljima, bio svjestan mogućnost plaćanja određenih priloga stranki SDS i znao je da će se takav prilog platiti iz dijela novca koje će od Patrije preko Riedla dobiti Walter Wolf. Finac je istražiteljima rekao da je Patria pristala na plaćanje mita kako bi dobila potporu vladajuće stranke za svoj projekt.
Ideja o plaćanju priloga SDS-u došla je, navodno, sa slovenske strane, no Niittynen nije mogao reći tko mu je točno poručio da je jako važno da Patria surađuje s Rotisom.
Na optužnicu koja je objavljena u Mladini odmah je odgovorio i sam Janša
'O nabavi finskih oklopnjaka nisam nikada odlučivao, a pogotovo da bi pokušao primiti darove za nezakonito posredovanje. S nikim od ljudi navedenih u optužnici nisam nikada osobno ili preko telefona razgovarao o oklopnjacima Patria. Ni ja niti itko u SDS-u nismo tražili nikakve nagrade ili darove u vezi Patrije, niti smo ih primili. Samo u najgorim totalitarnim režimima časopis vladajuće stranke ekskluzivno objavi optužnicu prije nego što je dobiju optuženi', rekao je Janša, poručivši pritom da bi na slovensku tužiteljicu i njezine optužbe bio ponosan i tužitelj iz namještenih procesa u Dachau.