Baš kao i u Assassin's Creedu, Ubisoft je i u Watch Dogs odlučio implementirati frakcije
Frakcija DeadSec sastoji se od hackera koji će pomagati našem protagonistu Aidanu Pearceu dok će s druge strane biti Blume, security kompanija čija tehnologija pogoni Chicago budućnosti. Ipak, ni jedna od njih neće biti strogo 'dobra' tj. 'zla' – obje će djelovati u etički i moralno sivom teritoriju;