Nakon svrgavanja Miloševićeva režima u listopadu 2000. nova vlast u Srbiji, na čelu s premijerom Zoranom Đinđićem, stavila je bivšeg šefa države, koji je tek nakon žestokih prosvjeda na ulicama priznao poraz na izborima, početkom siječnja 2001. pod stalni policijski nadzor i otvorila istragu o zlouporabi položaja. Konstantan pritisak na Miloševića, njegovu obitelj i najbliže suradnike, dosegnuo je vrhunac koncem ožujka kada je, izoliran u bivšoj Titovoj vili, bio prinuđen na pregovore, a potom i na predaju.

Ta skoro trodnevna drama ekranizirana je u pet epizoda tv-serije "Porodica" koja svjedoči o posljednjih 48 sati zajedničkog života Miloševićeve obitelji prije njegova uhićenja, kada su sa suradnicima i prijateljima, pod opsadom policije i uz desetke domaćih i stranih medijskih ekipa, boravili u Vili MIR, okruženoj i brojnim Miloševićevim pristašama. Scenarist Bojan Vuletić kazao je da je namjera bila obratiti se mlađoj publici koja nema uvida u te događaje, istaknuvši da je serija njihova dramska interpretacija, zasnovana na poznatim činjenicama, autentičnim snimkama, javno dostupnim informacijama i svjedočenjima aktera i sudionika.

Prvu epizodu vidjelo je više od 1,6 milijuna ljudi, uz udio u gledanosti veći od 37 posto, a sudeći po brojnim reakcijama u javnosti, na društvenim mrežama i u medijima, serija je izazvala veliku pozornost. U glumačkoj podjeli istaknuli su se ponajprije Boris Isaković i Mirjana Karanović u ulozi Miloševića i njegove supruge Mirjane Marković. Milošević je uhićen u noći između 31. ožujka i 1. travnja 2001. i pred domaćim pravosuđem optužen da je tijekom desetljeća na vlasti, od 1990. do 2000., zlouporabama pogodovao osobnoj koristi i vladajućoj Socijalističkoj partiji Srbije, čiji je bio predsjednik.

Akcija privođenja počelo je 30. ožujka, a okončana je poslije dva dana i sedmosatnih pregovora o predaji, uz brojne kontroverze koje su se odnosile na angažiranje vojske, policije i specijalnih postrojbi, te ulogu tadašnjih čelnika vlasti, ponajprije predsjednika Vojislava Koštunice, koji se protivio izručenju Miloševića haškom sudu. Međunarodni sud u Den Haagu inzistirao je, ukazujući na međunarodnu obvezu SRJ, da nova vlast u Beogradu izruči Miloševića kako bi mu se sudilo za ratne zločine u bivšoj SFRJ, a Sjedinjene Države su dodatnim pritiskom za izručenje uvjetovale ekonomsku pomoć Jugoslaviji.

Milošević je, uz odobrenje tadašnjeg premijera Zorana Đinđića 28. lipnja 2001., dan kasnije predan u nadležnost haškog suda (ICTY) i smješten u pritvor u Sheveningenu te potom izveden pred međunarodni sud za ratne zločine. Optužen je za genocid i ratne zločine počinjene na prostorima Hrvatske, BiH i Kosova tijekom ratnih sukoba 90-ih godina prošlog stoljeća. Milošević je odbio priznati autoritet suda, a proces započet 12. veljače 2002. potrajao je nekoliko godina, uz brojne kontroverze u javnosti na prostorima bivše Jugoslavije.

Braneći se sam, Milošević je, narušenog zdravlja, od Sudskog vijeća tražio da ga pusti na uvjetnu slobodu i liječenje u Rusiji, ali je ICTY odbio taj zahtjev zbog bojazni da će se u Moksvi pridružiti supruzi i sinu, za kojima su srpske vlasti raspisale tjeralicu, a Rusija im je dala politički azil. Milošević nije dočekao kraj suđenja i izricanje presude te je preminuo 11. ožujka 2006. u svojoj ćeliji u Sheveningenu. Pokopan je u dvorištu obiteljske kuće u Požarevcu 15. ožujka 2006., a sprovodu nije prisustvovao nitko od članova obitelji, supruga Mirjana, kćer Marija i sin Marko.

U obiteljsku grobnicu 20. travnja 2019. pokopana je Miloševićeva udovica Mirjana Marković, koja je preminula u Moskvi. Premijer Zoran Đinđić ubijen je u atentatu 12. ožujka 2003., nakon što je, po ocjenama brojnih suvremenika i suradnika, stekao mnoge neprijatelje zbog svoje okrenutosti Zapadu, reformske ekonomske politike, uhićenja i izručenja Haagu Slobodana Miloševića te pokušaja rasformiranja Postrojbe za specijalne operacije, stvorene u doba Miloševića i osumnjičene za brojna zlodjela.