Na vlasti je bio dvije godine, od listopada 1999. do srpnja 2001., kada je stvorio široku koaliciju nacionalnog jedinstva usred političkog i financijskog kaosa u zemlji, koji je za sobom ostavio diktator Suharto nakon 32-godišnje vladavine.

Wahid je posljednje dane proveo na odjelu za intenzivnu skrb u bolnici u Džakarti. Iz bolnice nisu naveli službeni uzrok njegove smrti, no poznato je da je Wahid bolovao godinama. Bio je gotovo potpuno slijep, kretati se mogao samo u invalidskim kolicima, a imao je i ozbiljnih problema s bubrezima.