Rođen je kao Zlatko Krajnčar 15. studenog 1956. u Zagrebu. Tako se zvao sve do šesnaeste godine, kada je pribavio prve osobne dokumente. Službenik koji je ispisivao osobnu iskaznicu napravio je pogrešku koja nije odmah uočena, a kada se Zlatko upisao u nogometne registre, odlučeno je da mu ostane prezime Kranjčar.

>> Preminuo je Zlatko Cico Kranjčar, legenda zagrebačkog i hrvatskog nogometa

Pohađao je III. gimnaziju u Zagrebu, bio je vrlo dobar i odličan učenik, ali nogomet mu je bio na prvom mjestu.

Najznačajniju ulogu u njegovoj karijeri imala je obitelj. Bio je u braku s Elvirom Kranjčar, inženjerkom avioprometa, danas vlasnicom Galerije Kranjčar na zagrebačkom Kaptolu. Zlatko je otac nogometaša Nike Kranjčara, a osim njega ima kćer Lanu.

Iako je igrao u Dinamu od desete godine, za prvu postavu zaigrao je 1974. u utakmici protiv Hajduka. Nakon nekoliko stotina utakmica, 98 postignutih golova za Dinamo te naslova prvaka Jugoslavije 1982. godine, 1983. potpisao je ugovor s bečkim Rapidom i tako ostvario svoj prvi međunarodni angažman.

Godine 1990. prelazi u Sankt Pölten te ostaje godinu dana jer već 1991. odlazi u SV Wienerfeld, s kojim je osvojio amaterski Kup Austrije, uveo ga u treću ligu i u njemu završio svoju igračku karijeru.

Za hrvatsku reprezentaciju nastupao je dva puta, prvi put protiv SAD-a 1990. godine, a drugi put protiv Rumunjske, kada je postigao gol. Zlatko je u obje utakmice bio kapetan i tako je ostao zapamćen kao prvi kapetan novostvorene hrvatske reprezentacije.

Obitelj Kranjčar se 1992. godine vratila u Hrvatsku i Zlatko je upisao višu trenersku školu. Prihvaća poziv sisačkog kluba Segesta i postaje njihov trener. U Dinamo kao trener prvi put dolazi 1994. godine, a smijenjen je dvije godine kasnije s obrazloženjem da je klubu potreban iskusniji trener. Godine 1998. kao nasljednik Marijana Vlaka vratio se u Dinamo kad se igrala Liga prvaka. Poslije gostujućih poraza od Olympiakosa i Porta naslijedio ga je vjenčani kum i suigrač iz 1982. Velimir Zajec, piše na biografija.com.

Kao vrhunac njegove trenerske karijere ističe se sezona 2001./02., kada je bio trener Zagreba. S Kranjčarom na klupi, momčad Zagreba je prvi put razbila dominaciju Dinama i Hajduka u Prvoj hrvatskoj nogometnoj ligi i osvojila prvo mjesto. Po mnogima je upravo to bilo presudno da postane izbornik hrvatske nogometne reprezentacije u kvalifikacijama za Svjetsko prvenstvo 2006.

Funkciju izbornika hrvatske reprezentacije obavljao je od 2004. do 2006. godine i odveo Hrvatsku na Svjetsko prvenstvo u Njemačkoj. Osim toga, u kvalifikacijama za Euro 2012. u Poljskoj i Ukrajini vodio je reprezentaciju Crne Gore.

U lipnju 2016. godine treći put vratio se u Dinamo, ali već u rujnu iste godine, nakon trećeg poraza u nizu, podnio je ostavku. U ožujku 2017. godine vratio se u Iran, u klub Sepahan, koji je već imao priliku voditi i s kojim je osvojio prvenstvo te bio proglašen najboljim trenerom u toj državi. Zadnji trenerski angažman imao je kao izbornik U-23 selekcije Irana.

Osim igračke, Zlatko Kranjčar ostvario je bogatu trenersku karijeru. Godine 2005. za iznimna postignuća i osobit doprinos razvoju sporta u Hrvatskoj dobio je državnu nagradu 'Franjo Bučar'.

S Dinamom je osvojio dva kupa i dva prvenstva, uveo ga u Ligu prvaka i postao treći najtrofejniji trener u povijesti kluba, a Hrvatsku je odveo na Svjetsko prvenstvo 2006. godine, što ga čini jednim od najuspješnijih hrvatskih trenera.