U srpnju 1995. godine, kada su pripadnici vojske i policije bosanskih Srba napali Srebrenicu, Malinić je bio zapovjednik bataljuna vojne policije pri zaštitnoj pukovniji glavnog stožera na čijem je čelu bio Ratko Mladić. Malinić je imao čin bojnika, a potom je promaknut u potpukovnika.

U optužnici se navodi kako je Malinić, postupajući po izravnim nalozima Mladića te Milomira Savčića, koji je tada zapovijedao pukovnijom, od 11. do 17. srpnja 1995. godine na području mjesta Nova Kasaba "svjesno pružao pomoć sudionicima udruženog zločinačkog pothvata po kojem je plan bio zarobiti, zatočiti te po kratkom postupku pogubiti i potom pokopati vojno sposobne Bošnjake".

Cilj tog zločinačkog pothvata, kako stoji u optužnici, bio je uništiti cjelokupnu bošnjačku etničku skupinu u Srebrenici.

U optužnici je navedeno i kako je konačni rezultat napada na Srebrenicu bio likvidacija više od osam tisuća bošnjačkih muškaraca i dječaka te progon više od 40 tisuća civila koji su do 11. srpnja 1995. godine boravili na tom području.

Malinić je ranije o počinjenim ratnim zločinima na području Srebrenice svjedočio na suđenju protiv Mladića pred Međunarodnim kaznenim sudom za bivšu Jugoslaviju (ICTY).

Milomir Savčić, koji je u optužnici protiv Malinića naveden kao suodgovoran za izdavanje zapovijedi o progonima i istrjebljenjima, već je suočen sa suđenjem u odvojenom procesu za ratne zločine koji je protiv njega također pokrenut na Sudu BiH.

Savčić je trenutačno na čelu organizacije koja u Republici Srpskoj okuplja bivše pripadnike vojske bosanskih Srba.