Mahmuljin je tijekom rata obnašao dužnost zapovjednika 3. korpusa Armije BiH u čijem je sastavu djelovala i postrojba 'El mudžahid' sastavljena mahom od dragovoljaca iz islamskih zemalja.

Pripadnici te postrojbe počinili su cijeli niz teških ratnih zločina uključujući i ritualna ubojstva zarobljenika poput odsjecanja glava, a istragu o tome pokrenuo je još Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) koji ju je naknadno prepustio bosanskohercegovačkom pravosuđu.

Mahmuljin je po zapovjednoj odgovornosti osumnjičen da je djelovao protivno odredbama međunarodnog humanitarnog prava i Ženevskih konvencija.

Tereti ga se za zločine počinjene u razdoblju od srpnja do listopada 1995. tijekom izvođenja ofenzivnih borbenih djelovanja postrojbi 3. korpusa Armije BiH na širem području Vozuće na planini Ozren u kojima je sudjelovala i postrojba 'El Mudžahid'.

Navedeno je kako su pripadnici te postrojbe tada ubili oko pedeset ratnih zarobljenika srpske nacionalnosti. Njih su prije toga oteli od druge postrojbe koja ih je zarobila.

Istraga se vodi i zbog nečovječnog postupanja prema dvadeset ratnih zarobljenika i civila koje su mudžahedini odbili predati postrojbi vojne policije u skladu sa zapovjedima.

Navodi se kako je general Mahmuljin kao zapovjednik korpusa propustio spriječiti počinjenje ovih kaznenih djela ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika i civila od strane pripadnika postrojbe 'El Mudžahid', te ih je propustio kazniti nakon počinjenog zločina.

Tereti ga se da je imao informacije o počinjenim ratnim zločinima mudžahedina kao i o pripremama za njihovo počinjenje no kako nije ništa poduzeo ne bi li ih spriječio.

Mahmuljin je osumnjičen za kazneno djelo ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika, ratnog zločina protiv civilnog stanovništva i ratnog zločina protiv ranjenika i bolesnika.

Nakon uhićenja i ispitivanja Tužiteljstvo BiH će odlučiti hoće li za Mahmuljina tražiti određivanje pritvora.