U jednom od posljednjih intervjua koji je slobodnoj Dalmaciji dao kao predsjednik Stipe Mesić otkrio je da na Pantovčaku ostavlja jedan sef Franje Tuđmana koji nikako nije uspio otvoriti, unatoč višekratnim nastojanjima. Ključ sefa Mesić je tražio i od obitelji Tuđman, no oni su tvrdili da nije kod njih. U još nekoliko navrata Mesić je pokušao doći do ključa, ali svi mu govorili da odustane. Razmišljalo se i o nasilnom obijanju brave, no na kraju se i od toga odustalo.

Čini se da će tajnu sefa morati otkriti aktualni predsjednik Ivo Josipović, kojeg je Slobodna Dalmacija već priupitala hoće li otvoriti sef. 'Predsjednik Ivo Josipović otvorit će sef te će, ako se to ne bude kosilo sa zakonom, dokumenti, ili što se već nalazi u sefu, biti dostupni javnosti. Kad su u pitanju državne tajne pohranjene u sefu, morat će se voditi računa o relevantnim pravnim propisima koji reguliraju pitanje zaštite klasificiranih podataka', stoji u pisanom odgovoru iz Ureda predsjednika.

Priča o Tuđmanovim sefovima bila je aktualna i 2000. kada je Pantovčak preuzimao Stipe Mesić. Tada su navodno radile peći kako bi se uništila brojna dokumentacija. Spaljivanje i odnošenje papira trajalo je danima. Mesiću su ostali samo dokumenti i transkripti nekih običnih i nekompromitirajućih razgovora, a do dijela kontroverznih materijala nikad nije došao.

Pisalo se i da su u Tuđmanovim sefovima, koji su se nalazili na Pantovčaku, Brijunima i u obavještajnim službama, brižljivo čuvane tajne rušenja Starog mosta u Mostaru, prisluškivanja i slično. Dio dokumenata tada je navodno premješten po obavještajnim zajednicama, osobito u krovnu obavještajnu analitičku službu HIS, a neke su kutije otišle i u inozemstvo. Tadašnji agenti i bliski suradnici prvog hrvatskog predsjednika sve su demantirali, navodeći da priču o namjernom uništavanju Tuđmanovih dokumenata plasira Mesić.