Pravomoćnom presudom odbačeni su navodi o njegovoj odgovornosti za genocid u Bosni i Hercegovini, dok je žalbeno vijeće potvrdilo njegovu odgovornost za progon, deportacije i prisilno premještanje stanovništva.

Krajišnik je, naime, pravomoćno osuđen na 27 godina zatvora zbog zločina nad nesrpskim stanovništvom u BiH tijekom rata od 1992. do 1995. godine.

Sudsko vijeće je Krajišnika 27. rujna 2006. godine proglasilo krivim za zločine protiv čovječnosti - ubojstva, istrebljenje, progone na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, deportacije i prisilno premještanje bosanskih muslimana i Hrvata.

Krajišnik je oslobođen krivice za genocid i sudjelovanje u genocidu nad nesrpskim stanovništvom tijekom ratnih sukoba u BiH.

Prvostupanjsko sudsko vijeće zaključilo je da je Krajišnik bio dio udruženog zločinačkog poduhvata koji su, prema ocjeni suda, činili i bivši predsjednik RS Radovan Karadžić i druge vođe Srba iz BiH.

Njihov opći cilj bio je 'etničko preoblikovanje teritorija koje je odredilo bosansko-srpsko rukovodstvo drastičnim smanjenjem broja muslimana i Hrvata kroz protjerivanje s određenih područja'.

Prvostupanjsko vijeće je proglasilo Krajišnika krivim za ubojstva ili istrebljenje gotovo 3.000 bosanskih muslimana i Hrvata i za sudjelovanje u prisilnom premještanju više od 100.000 muslimana i Hrvata iz područja koje su pod kontrolom držale snage bosanskih Srba.